Integration of Kinase and Calcium Signaling at the Level of Chromatin Underlies Inducible Gene Activation in T Cells.
Integration of Kinase and Calcium Signaling at the Level of Chromatin Underlies Inducible Gene Activation in T Cells.
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DOI：
10.4049/jimmunol.1602033
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发表时间：
2017-10-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Paszek P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Brignall R;Cauchy P;Bevington SL;Gorman B;Pisco AO;Bagnall J;Boddington C;Rowe W;England H;Rich K;Schmidt L;Dyer NP;Travis MA;Ott S;Jackson DA;Cockerill PN;Paszek P
TcR信号通路协同激活可诱导转录因子NF-κB、NFAT和AP-1。在这项研究中，我们利用Jurkat T细胞上的钙离子载体离子霉素和/或PMA，证明了与激活TCR信号相关的基因表达程序与特定的染色质景观密切相关。我们发现，钙和激酶信号协同诱导∼2100染色质区域的染色质重塑，该区域显示了丰富的诱导因子结合基序，并与靶基因表达相关。我们发现，这些区域通常作为可诱导的增强子发挥作用。其中许多元件含有NFAT/AP-1复合位点，它们通常支持协同结合，从而进一步加强了钙信号和激酶信号在T细胞基因激活中协同作用的必要性。相比之下，单用PMA或离子霉素处理可在更少的区域(分别为∼600和∼350)诱导染色质重塑，这些区域大多代表共刺激诱导的染色质重塑的子集。这表明TCR信号的整合主要发生在染色质水平，我们认为染色质在调节T细胞激活中起着至关重要的作用。
TCR signaling pathways cooperate to activate the inducible transcription factors NF-κB, NFAT, and AP-1. In this study, using the calcium ionophore ionomycin and/or PMA on Jurkat T cells, we show that the gene expression program associated with activation of TCR signaling is closely related to specific chromatin landscapes. We find that calcium and kinase signaling cooperate to induce chromatin remodeling at ∼2100 chromatin regions, which demonstrate enriched binding motifs for inducible factors and correlate with target gene expression. We found that these regions typically function as inducible enhancers. Many of these elements contain composite NFAT/AP-1 sites, which typically support cooperative binding, thus further reinforcing the need for cooperation between calcium and kinase signaling in the activation of genes in T cells. In contrast, treatment with PMA or ionomycin alone induces chromatin remodeling at far fewer regions (∼600 and ∼350, respectively), which mostly represent a subset of those induced by costimulation. This suggests that the integration of TCR signaling largely occurs at the level of chromatin, which we propose plays a crucial role in regulating T cell activation.
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DOI：
10.15252/embj.201592534
发表时间：
2016-03-01
期刊：
The EMBO journal
影响因子：
--
作者：
Bevington SL;Cauchy P;Piper J;Bertrand E;Lalli N;Jarvis RC;Gilding LN;Ott S;Bonifer C;Cockerill PN
通讯作者：
Cockerill PN
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
32.4
作者：
Esensten JH;Helou YA;Chopra G;Weiss A;Bluestone JA
通讯作者：
Bluestone JA
影响因子：
3.3
作者：
Froelich S;Tai A;Wang P
通讯作者：
Wang P
DOI：
10.4049/jimmunol.1201915
发表时间：
2012-11-01
期刊：
Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
影响因子：
--
作者：
Baxter EW;Mirabella F;Bowers SR;James SR;Bonavita AM;Bertrand E;Strogantsev R;Hawwari A;Bert AG;Gonzalez de Arce A;West AG;Bonifer C;Cockerill PN
通讯作者：
Cockerill PN