Synergistic drug combinations for cancer identified in a CRISPR screen for pairwise genetic interactions.
Synergistic drug combinations for cancer identified in a CRISPR screen for pairwise genetic interactions.
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DOI：
10.1038/nbt.3834
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发表时间：
2017-05
影响因子：
46.9
通讯作者：
Bassik MC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Han K;Jeng EE;Hess GT;Morgens DW;Li A;Bassik MC
确定有效的联合疗法对于解决耐药癌症的出现至关重要，但直接筛选所有可能的药物组合是不可行的。在这里，我们介绍了一种基于CRISPR的双敲除（CDKO）系统，该系统使用用于克隆和测序配对单向导RNA文库的有效策略以及用于从CRISPR缺失基因对计算遗传相互作用（GI）的稳健统计评分方法来提高组合遗传筛选的效率。我们应用CDKO生成大规模人类GI图谱，包括针对K562白血病细胞中的21，321对药物靶标的490，000个双sgRNA，并鉴定了相应药物表现出协同杀伤作用的合成致死药物靶标对。这些包括BCL 2L1和MCL1组合，其在伊马替尼耐药细胞中也有效。我们进一步验证了这个系统，通过识别已知的和以前未识别的地理标志之间的蓖麻毒素毒性的修改器。这项工作提供了一种有效的策略，以高通量筛选协同药物组合，并提供了一种基于CRISPR的工具来剖析功能性GI网络。
Identification of effective combination therapies is critical to address the emergence of drug-resistant cancers, but direct screening of all possible drug combinations is infeasible. Here we introduce a CRISPR-based double knockout (CDKO) system that improves the efficiency of combinatorial genetic screening using an effective strategy for cloning and sequencing paired single-guide RNA libraries and a robust statistical scoring method for calculating genetic interactions (GIs) from CRISPR-deleted gene pairs. We applied CDKO to generate a large-scale human GI map, comprising 490,000 double-sgRNAs directed against 21,321 pairs of drug targets in K562 leukemia cells and identified synthetic lethal drug target pairs for which corresponding drugs exhibit synergistic killing. These included the BCL2L1 and MCL1 combination, which was also effective in imatinib-resistant cells. We further validated this system by identifying known and previously unidentified GIs between modifiers of ricin toxicity. This work provides an effective strategy to screen synergistic drug combinations at high-throughput and a CRISPR-based tool to dissect functional GI networks.
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影响因子：
56.9
作者：
Blomen, Vincent A.;Majek, Peter;Brummelkamp, Thijn R.
通讯作者：
Brummelkamp, Thijn R.
DOI：
10.1016/j.biocel.2013.03.004
发表时间：
2013-07-01
影响因子：
4
作者：
Austin, Christopher J. D.;Kahlert, Jan;Rendina, Louis M.
通讯作者：
Rendina, Louis M.
影响因子：
48
作者：
Collins, Sean R.;Weissman, Jonathan S.;Krogan, Nevan J.
通讯作者：
Krogan, Nevan J.
影响因子：
14.9
作者：
Brinkman EK;Chen T;Amendola M;van Steensel B
通讯作者：
van Steensel B
磷脂酰肌醇3-激酶过度激活导致拉帕替尼的抗性，这是由mTOR/磷脂酰/磷脂酰肌醇3-激酶抑制剂NVP-BEZ235逆转的。
影响因子：
11.2
作者：
Eichhorn PJ;Gili M;Scaltriti M;Serra V;Guzman M;Nijkamp W;Beijersbergen RL;Valero V;Seoane J;Bernards R;Baselga J
通讯作者：
Baselga J