Interaction of ribosomal proteins, S6, S8, S15 and S18 with the central domain of 16 S ribosomal RNA.
Interaction of ribosomal proteins, S6, S8, S15 and S18 with the central domain of 16 S ribosomal RNA.
复制标题
核糖体蛋白 S6、S8、S15 和 S18 与 16 S 核糖体 RNA 中心结构域的相互作用。
DOI：
10.1016/0022-2836(88)90242-2
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发表时间：
1988
影响因子：
5.6
通讯作者：
Noller,HF
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Svensson,P;Changchien,LM;Craven,GR;Noller,HF
我们构建了核糖体蛋白 S8、S15、S8+S15 和 S8+S15+S6+S18 与 16 S 核糖体 RNA 的复合物，并用一组结构特异性化学和酶探针探测 RNA 部分。我们的结果表明，蛋白质组装对 16 S rRNA 中特定核苷酸的反应性有以下影响。1.(1) 与早期研究一致，S8 保护 588-606/632-651 干区及其周围的核苷酸免受化学探针的攻击；这些相同区域内及其周围免受核酸酶的保护支持了这一点。此外，我们观察到位置 573-575、583、812、858-861 和 865 的保护。发现了几种 S8 依赖性反应性增强，表明该蛋白质的组装伴随着 16 S rRNA 的构象变化。这些结果意味着蛋白质S8影响的中央结构域区域比之前怀疑的要大得多。2.(2)蛋白质S15保护655-672/734-751茎中的核苷酸，这与之前的发现一致。我们还在 724-730 区域发现了依赖于 S15 的核苷酸保护。 S15 的组装导致反应性的若干增强，其中最显着的是 G664、A665、G674 和 A718。3。(3) 蛋白质 S6 和 S18 的作用取决于两种蛋白质的同时存在以及蛋白质 S15 的存在。 S6+S18 相关保护位于 673–730 和 777–803 区域。我们观察到这些蛋白质的结果存在一些差异，具体取决于所用蛋白质与 RNA 的比例，以及在使用酶探针的不同试验中，可能是由于蛋白质 S18 的溶解度有限。 664-676 和 715-729 区域的核苷酸保护始终具有可重复性。后者中的三种核苷酸（G664、G674 和 A718）通过蛋白质 S15 的组装而得到强烈增强。这一结果表明，S15 诱导的涉及这些核苷酸的构象变化可能在蛋白质 S6 和 S18 的协同组装中发挥作用。
We have constructed complexes of ribosomal proteins S8, S15, S8+S15 and S8+S15+S6+S18 with 16 S ribosomal RNA, and probed the RNA moiety with a set of structure-specific chemical and enzymatic probes. Our results show the following effects of assembly of proteins on the reactivity of specific nucleotides in 16 S rRNA.1.(1) In agreement with earlier work, S8 protects nucleotides in and around the 588–606/632–651 stem from attack by chemical probes; this is supported by protection in and around these same regions from nucleases. In addition, we observe protection of positions 573–575, 583, 812, 858–861 and 865. Several S8-dependent enhancements of reactivity are found, indicating that assembly of this protein is accompanied by conformational changes in 16 S rRNA. These results imply that protein S8 influences a much larger region of the central domain than was previously suspected.2.(2) Protein S15 protects nucleotides in the 655–672/734–751 stem, in agreement with previous findings. We also find S15-dependent protection of nucleotides in the 724–730 region. Assembly of S15 causes several enhancements of reactivity, the most striking of which are found at G664, A665, G674, and A718.3.(3) The effects of proteins S6 and S18 are dependent on the simultaneous presence of both proteins, and on the presence of protein S15. S6+S18-dependent protections are located in the 673–730 and 777–803 regions. We observed some variability in our results with these proteins, depending on the ratio of protein to RNA used, and in different trials using enzymatic probes, possibly due to the limited solubility of protein S18. Consistently reproducible was protection of nucleotides in the 664–676 and 715–729 regions. Among the latter are three of the nucleotides (G664, G674 and A718) that are strongly enhanced by assembly of protein S15. This result suggests that an S15-induced conformational change involving these nucleotides may play a role in the co-operative assembly of proteins S6 and S18.
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