Function annotation of an SBP-box gene in Arabidopsis based on analysis of co-expression networks and promoters.
Function annotation of an SBP-box gene in Arabidopsis based on analysis of co-expression networks and promoters.
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DOI：
10.3390/ijms10010116
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发表时间：
2009-01
影响因子：
5.6
通讯作者：
Chen G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang Y;Hu Z;Yang Y;Chen X;Chen G
鳞片类启动子结合蛋白(SPL)基因家族是拟南芥中的SBP-box转录家族。虽然已经报道了对SPL基因的几种生理反应，但它们的生物学作用仍然难以捉摸。在这里，我们使用表达相关性、相互作用组和启动子含量的联合分析来推断SPL基因在拟南芥中的生物学作用。对SPL相关基因网络的分析揭示了SPL基因的多种功能。网络分析表明，SPL基因通过控制其他转录因子家族发挥功能，并与膜蛋白转运活性有关。相关基因的互作组学分析表明，SPL基因还参与了葡萄糖、无机盐和ATP的代谢。此外，相关基因的启动子含有一个核心结合顺式元件(GTAC)。所有这些分析表明，SPL基因在拟南芥中具有不同的功能。
The SQUAMOSA PROMOTER BINDING PROTEIN–LIKE (SPL) gene family is an SBP-box transcription family in Arabidopsis. While several physiological responses to SPL genes have been reported, their biological role remains elusive. Here, we use a combined analysis of expression correlation, the interactome, and promoter content to infer the biological role of the SPL genes in Arabidopsis thaliana. Analysis of the SPL-correlated gene network reveals multiple functions for SPL genes. Network analysis shows that SPL genes function by controlling other transcription factor families and have relatives with membrane protein transport activity. The interactome analysis of the correlation genes suggests that SPL genes also take part in metabolism of glucose, inorganic salts, and ATP production. Furthermore, the promoters of the correlated genes contain a core binding cis-element (GTAC). All of these analyses suggest that SPL genes have varied functions in Arabidopsis.
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