Computational pipeline for designing guide RNAs for mismatch-CRISPRi.
Computational pipeline for designing guide RNAs for mismatch-CRISPRi.
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DOI：
10.1016/j.xpro.2021.100521
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发表时间：
2021-06-18
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Gross CA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
van Gestel J;Hawkins JS;Todor H;Gross CA
CRISPR干扰是一种越来越受欢迎的干扰基因表达的方法。在单向导RNA（sgRNA）的引导下，核酸酶缺陷型Cas9蛋白与特定的DNA序列结合并阻碍转录。特异性是通过sgRNA与DNA的互补性来实现的。通过引入单核苷酸错配来改变互补性可以用于调节敲低。在这里，我们提出了一个计算管道来识别靶向细菌基因组中特定基因的sgRNA，过滤它们，并通过引入错配来滴定它们的活性。有关本方案使用和执行的完整详细信息，请参阅。鉴定细菌基因或感兴趣基因组的所有CRISPR干扰靶标基于几个简单的指标（例如潜在的脱靶命中）过滤相关sgRNA预测错配sgRNA的敲低效力以引入分级敲低CRISPR干扰是一种越来越流行的干扰基因表达的方法。在单向导RNA（sgRNA）的引导下，核酸酶缺陷型Cas9蛋白与特定的DNA序列结合并阻碍转录。特异性通过sgRNA与DNA的互补性实现。通过引入单核苷酸错配来改变互补性可以用于调节敲低。在这里，我们提出了一个计算管道来识别靶向细菌基因组中特定基因的sgRNA，过滤它们，并通过引入错配来滴定它们的活性。
CRISPR interference is an increasingly popular method for perturbing gene expression. Guided by single-guide RNAs (sgRNAs), nuclease-deficient Cas9 proteins bind to specific DNA sequences and hinder transcription. Specificity is achieved through complementarity of the sgRNAs to the DNA. Changing complementarity by introducing single-nucleotide mismatches can be exploited to tune knockdown. Here, we present a computational pipeline to identify sgRNAs targeting specific genes in a bacterial genome, filter them, and titrate their activity by introducing mismatches. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to. Identify all CRISPR interference targets for a bacterial gene or genome of interest Filter associated sgRNAs based on few simple metrics such as potential off-target hits Predict knockdown efficacies of mismatch sgRNAs for introducing graded knockdowns CRISPR interference is an increasingly popular method for perturbing gene expression. Guided by single-guide RNAs (sgRNAs), nuclease-deficient Cas9 proteins bind to specific DNA sequences and hinder transcription. Specificity is achieved through complementarity of the sgRNAs to the DNA. Changing complementarity by introducing single-nucleotide mismatches can be exploited to tune knockdown. Here, we present a computational pipeline to identify sgRNAs targeting specific genes in a bacterial genome, filter them, and titrate their activity by introducing mismatches.
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影响因子：
4.7
作者：
Kim, Seong Keun;Kim, Haseong;Lee, Seung-Goo
通讯作者：
Lee, Seung-Goo
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Hawkins JS;Silvis MR;Koo BM;Peters JM;Osadnik H;Jost M;Hearne CC;Weissman JS;Todor H;Gross CA
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Gross CA
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作者：
通讯作者：
--
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作者：
Wagih, Omar
通讯作者：
Wagih, Omar
DOI：
10.1073/pnas.1700557114
发表时间：
2017-05-23
影响因子：
11.1
作者：
Boyle, Evan A.;Andreasson, Johan O. L.;Greenleaf, William J.
通讯作者：
Greenleaf, William J.