The Synthetic Biology Open Language (SBOL) Version 3: Simplified Data Exchange for Bioengineering.
The Synthetic Biology Open Language (SBOL) Version 3: Simplified Data Exchange for Bioengineering.
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DOI：
10.3389/fbioe.2020.01009
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发表时间：
2020
影响因子：
5.7
通讯作者：
Myers CJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
McLaughlin JA;Beal J;Mısırlı G;Grünberg R;Bartley BA;Scott-Brown J;Vaidyanathan P;Fontanarrosa P;Oberortner E;Wipat A;Gorochowski TE;Myers CJ
合成生物学开放语言（SBOL）是一种社区开发的数据标准，允许使用机器可处理的，使用语义网技术构建的本体支持的表示来捕获有关生物设计的知识。虽然SBOL的早期版本只关注基于DNA的组件及其子组件的描述，但SBOL现在可以用于表示跨多个尺度和整个合成生物学工作流程的知识，从单个分子或DNA片段的规范到包含多个相互作用的遗传电路的多细胞系统。SBOL标准的第三次主要迭代SBOL 3是基于在各种科学和工业环境中部署SBOL的经验，努力简化和简化底层数据模型，重点关注实际应用程序。在这里，我们将介绍SBOL 3规范，与以前版本的SBOL进行比较，并通过其使用的实际示例。
The Synthetic Biology Open Language (SBOL) is a community-developed data standard that allows knowledge about biological designs to be captured using a machine-tractable, ontology-backed representation that is built using Semantic Web technologies. While early versions of SBOL focused only on the description of DNA-based components and their sub-components, SBOL can now be used to represent knowledge across multiple scales and throughout the entire synthetic biology workflow, from the specification of a single molecule or DNA fragment through to multicellular systems containing multiple interacting genetic circuits. The third major iteration of the SBOL standard, SBOL3, is an effort to streamline and simplify the underlying data model with a focus on real-world applications, based on experience from the deployment of SBOL in a variety of scientific and industrial settings. Here, we introduce the SBOL3 specification both in comparison to previous versions of SBOL and through practical examples of its use.
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影响因子：
5.6
作者：
Chen J;Densmore D;Ham TS;Keasling JD;Hillson NJ
通讯作者：
Hillson NJ
影响因子：
14.9
作者：
UniProt Consortium
通讯作者：
UniProt Consortium
影响因子：
1.9
作者：
Baig H;Fontanarrosa P;Kulkarni V;McLaughlin JA;Vaidyanathan P;Bartley B;Beal J;Crowther M;Gorochowski TE;Grünberg R;Misirli G;Scott-Brown J;Oberortner E;Wipat A;Myers CJ
通讯作者：
Myers CJ
影响因子：
3.7
作者：
Bilitchenko L;Liu A;Cheung S;Weeding E;Xia B;Leguia M;Anderson JC;Densmore D
通讯作者：
Densmore D
影响因子：
1.9
作者：
Cox RS;Madsen C;McLaughlin JA;Nguyen T;Roehner N;Bartley B;Beal J;Bissell M;Choi K;Clancy K;Grünberg R;Macklin C;Misirli G;Oberortner E;Pocock M;Samineni M;Zhang M;Zhang Z;Zundel Z;Gennari JH;Myers C;Sauro H;Wipat A
通讯作者：
Wipat A