TIPP2: metagenomic taxonomic profiling using phylogenetic markers.
TIPP2: metagenomic taxonomic profiling using phylogenetic markers.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btab023
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发表时间：
2021-07-27
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Warnow T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shah N;Molloy EK;Pop M;Warnow T
宏基因组学通过使研究人员能够表征复杂微生物群落的组成，彻底改变了微生物组研究。分类学分析是宏基因组分析的关键步骤之一。标记基因是单拷贝的，在细菌和真菌中普遍存在，可以提供样品中分类单元丰度的准确估计。我们提出了TIPP2，标记基因为基础的丰度分析方法，它结合了系统发育的位置与统计技术来控制分类精度和召回。TIPP2包括一组更新的参考软件包，以及对原始TIPP方法的几项算法改进。我们发现TIPP2提供了比其他分析方法（包括Bracken，mOTUsv2和MetaPhlAn2）相当或更好的丰度估计，并且当数据集中存在代表性不足（新）的基因组时，严格优于其他方法。我们方法的代码可以在https://github.com/smirarab/sepp/blob/tipp2/README.TIPP.md上以开源形式免费获得。为TIPP2创建新参考包的代码和过程可在https://github.com/shahnidhi/TIPP_reference_package上获得。 补充数据可在Bioinformatics在线获得。
Metagenomics has revolutionized microbiome research by enabling researchers to characterize the composition of complex microbial communities. Taxonomic profiling is one of the critical steps in metagenomic analyses. Marker genes, which are single-copy and universally found across Bacteria and Archaea, can provide accurate estimates of taxon abundances in the sample. We present TIPP2, a marker gene-based abundance profiling method, which combines phylogenetic placement with statistical techniques to control classification precision and recall. TIPP2 includes an updated set of reference packages and several algorithmic improvements over the original TIPP method. We find that TIPP2 provides comparable or better estimates of abundance than other profiling methods (including Bracken, mOTUsv2 and MetaPhlAn2), and strictly dominates other methods when there are under-represented (novel) genomes present in the dataset. The code for our method is freely available in open-source form at https://github.com/smirarab/sepp/blob/tipp2/README.TIPP.md. The code and procedure to create new reference packages for TIPP2 are available at https://github.com/shahnidhi/TIPP_reference_package. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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