The genome of the Western clawed frog Xenopus tropicalis.
The genome of the Western clawed frog Xenopus tropicalis.
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DOI：
10.1126/science.1183670
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发表时间：
2010-04-30
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Rokhsar DS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hellsten U;Harland RM;Gilchrist MJ;Hendrix D;Jurka J;Kapitonov V;Ovcharenko I;Putnam NH;Shu S;Taher L;Blitz IL;Blumberg B;Dichmann DS;Dubchak I;Amaya E;Detter JC;Fletcher R;Gerhard DS;Goodstein D;Graves T;Grigoriev IV;Grimwood J;Kawashima T;Lindquist E;Lucas SM;Mead PE;Mitros T;Ogino H;Ohta Y;Poliakov AV;Pollet N;Robert J;Salamov A;Sater AK;Schmutz J;Terry A;Vize PD;Warren WC;Wells D;Wills A;Wilson RK;Zimmerman LB;Zorn AM;Grainger R;Grammer T;Khokha MK;Richardson PM;Rokhsar DS
热带爪蟾（Xenopus tropicalis）是脊椎动物发育的重要模式，它结合了非洲爪蟾（Xenopus laevis）的实验优势和更易处理的遗传学。在这里，我们提出了一个草案的基因组序列组装X。热带植物该基因组编码超过20，000个蛋白质编码基因，包括至少1，700个人类疾病基因的直系同源物。超过一百万个表达的序列标签验证了注释。超过三分之一的基因组由转座因子组成，其中DNA转座子异常普遍。像其他四足动物一样，基因组包含富含保守非编码元件的基因沙漠。该基因组在大染色体的主要部分上与人类和鸡表现出显着的共享同线性，主要在哺乳动物谱系中被谱系特异性染色体融合和分裂所打破。
The western clawed frog Xenopus tropicalis is an important model for vertebrate development that combines experimental advantages of the African clawed frog Xenopus laevis with more tractable genetics. Here we present a draft genome sequence assembly of X. tropicalis. This genome encodes over 20,000 protein-coding genes, including orthologs of at least 1,700 human disease genes. Over a million expressed sequence tags validated the annotation. More than one-third of the genome consists of transposable elements, with unusually prevalent DNA transposons. Like other tetrapods, the genome contains gene deserts enriched for conserved non-coding elements. The genome exhibits remarkable shared synteny with human and chicken over major parts of large chromosomes, broken by lineage-specific chromosome fusions and fissions, mainly in the mammalian lineage.
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DOI：
10.1073/pnas.0601407103
发表时间：
2006-07-11
影响因子：
11.1
作者：
Ohta, Yuko;Flajnik, Martin
通讯作者：
Flajnik, Martin
影响因子：
1.5
作者：
Kapitonov, VV;Jurka, J
通讯作者：
Jurka, J
影响因子：
64.8
作者：
Matsumoto, T;Wu, JZ;Sugiura, M
通讯作者：
Sugiura, M
影响因子：
7
作者：
Woods, IG;Wilson, C;Talbot, WS
通讯作者：
Talbot, WS
影响因子：
2.7
作者：
Abu-Daya, Anita;Sater, Amy K.;Zimmerman, Lyle B.
通讯作者：
Zimmerman, Lyle B.