Using genotyping-by-sequencing (GBS) for genomic discovery in cultivated oat.
Using genotyping-by-sequencing (GBS) for genomic discovery in cultivated oat.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0102448
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Tinker NA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Huang YF;Poland JA;Wight CP;Jackson EW;Tinker NA
下一代测序的进展提供了高通量和成本效益的基因分型替代方案，包括测序基因分型（GBS）。结果表明，这种方法是有效的基因分型的各种物种，包括那些复杂的基因组。为了评估GBS在栽培六倍体燕麦（Avena sativa L.）中的效用，研究了来自世界各地育种计划的七个双亲作图群体和不同的近交系。我们研究了影响GBS SNP调用的技术因素，建立了一个工作流程，结合了两个生物信息学管道的GBS SNP调用，并提供了燕麦GBS基因座的命名。高通量GBS系统使我们能够在燕麦共有图谱上放置45，117个位点，从而为进一步的基因组研究建立位置参考。使用多样性线，我们估计，每2至2.8 cM的一个标记的最小密度将需要全基因组关联研究（GWAS），和GBS标记在大多数染色体区域满足此密度要求。我们还证明了GBS在燕麦育种相关的其他诊断应用中的实用性。我们的结论是，GBS是一个强大的和有用的方法，这将有许多额外的应用在燕麦育种和基因组研究。
Advances in next-generation sequencing offer high-throughput and cost-effective genotyping alternatives, including genotyping-by-sequencing (GBS). Results have shown that this methodology is efficient for genotyping a variety of species, including those with complex genomes. To assess the utility of GBS in cultivated hexaploid oat (Avena sativa L.), seven bi-parental mapping populations and diverse inbred lines from breeding programs around the world were studied. We examined technical factors that influence GBS SNP calls, established a workflow that combines two bioinformatics pipelines for GBS SNP calling, and provided a nomenclature for oat GBS loci. The high-throughput GBS system enabled us to place 45,117 loci on an oat consensus map, thus establishing a positional reference for further genomic studies. Using the diversity lines, we estimated that a minimum density of one marker per 2 to 2.8 cM would be required for genome-wide association studies (GWAS), and GBS markers met this density requirement in most chromosome regions. We also demonstrated the utility of GBS in additional diagnostic applications related to oat breeding. We conclude that GBS is a powerful and useful approach, which will have many additional applications in oat breeding and genomic studies.
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影响因子：
4.4
作者：
Oliver RE;Lazo GR;Lutz JD;Rubenfield MJ;Tinker NA;Anderson JM;Wisniewski Morehead NH;Adhikary D;Jellen EN;Maughan PJ;Brown Guedira GL;Chao S;Beattie AD;Carson ML;Rines HW;Obert DE;Bonman JM;Jackson EW
通讯作者：
Jackson EW
影响因子：
3.3
作者：
Beissinger TM;Hirsch CN;Sekhon RS;Foerster JM;Johnson JM;Muttoni G;Vaillancourt B;Buell CR;Kaeppler SM;de Leon N
通讯作者：
de Leon N
影响因子：
5.8
作者：
Bradbury, Peter J.;Zhang, Zhiwu;Buckler, Edward S.
通讯作者：
Buckler, Edward S.
影响因子：
3.8
作者：
Gutierrez-Gonzalez, Juan J.;Wise, Mitchell L.;Garvin, David F.
通讯作者：
Garvin, David F.
影响因子：
3.1
作者：
ODONOUGHUE, LS;KIANIAN, SF;VANDEYNZE, A
通讯作者：
VANDEYNZE, A