Neuroscience Cloud Analysis As a Service: An open-source platform for scalable, reproducible data analysis.
Neuroscience Cloud Analysis As a Service: An open-source platform for scalable, reproducible data analysis.
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DOI：
10.1016/j.neuron.2022.06.018
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发表时间：
2022-09-07
期刊：
影响因子：
16.2
通讯作者：
Cunningham, John P.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Abe, Taiga;Kinsella, Ian;Saxena, Shreya;Buchanan, E. Kelly;Couto, Joao;Briggs, John;Kitt, Sian Lee;Glassman, Ryan;Zhou, John;Paninski, Liam;Cunningham, John P.
神经科学研究的一个关键方面是开发处理大型数据集的强大通用数据分析。不幸的是，现代数据分析对复杂的计算基础设施（例如软件和硬件）有着隐藏的依赖性，这对分析用户来说是一个无法解决的障碍。虽然现有的分析越来越多地作为开源软件共享，但有效部署这些分析所需的基础设施和知识仍然构成了重大的使用障碍。在这项工作中，我们开发了神经科学云分析即服务（NeuroCAAS）：一个完全自动化的开源分析平台，为任何数据分析提供自动基础设施再现性。我们展示了NeuroCAAS如何支持更简单，更强大的数据分析设计，以及通过NeuroCAAS提供的许多流行的数据分析工具在典型的基础设施上优于同行。通过将严格的基础设施管理与云资源相结合，NeuroCAAS大大加快了神经科学发现的新数据分析的传播和使用。计算基础设施是神经数据分析的基本组成部分。Abe等人提出了一个名为NeuroCAAS的开源、基于云的平台，用于自动构建用于神经数据分析的可重复计算基础设施。他们表明，NeuroCAAS支持新的分析设计，可以提高现有流行方法的效率。
A key aspect of neuroscience research is the development of powerful, general-purpose data analyses that process large datasets. Unfortunately, modern data analyses have a hidden dependence upon complex computing infrastructure (e.g. software and hardware), which acts as an unaddressed deterrent to analysis users. While existing analyses are increasingly shared as open source software, the infrastructure and knowledge needed to deploy these analyses efficiently still pose significant barriers to use. In this work we develop Neuroscience Cloud Analysis As a Service (NeuroCAAS ): a fully automated open-source analysis platform offering automatic infrastructure reproducibility for any data analysis. We show how NeuroCAAS supports the design of simpler, more powerful data analyses, and that many popular data analysis tools offered through NeuroCAAS outperform counterparts on typical infrastructure. Pairing rigorous infrastructure management with cloud resources, NeuroCAAS dramatically accelerates the dissemination and use of new data analyses for neuroscientific discovery. Computing infrastructure is a fundamental part of neural data analysis. Abe et al. present an open source, cloud based platform called NeuroCAAS to automatically build reproducible computing infrastructure for neural data analysis. They show that NeuroCAAS supports novel analysis design and can improve the efficiency of popular existing methods.
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影响因子：
12.3
作者：
Carpenter AE;Jones TR;Lamprecht MR;Clarke C;Kang IH;Friman O;Guertin DA;Chang JH;Lindquist RA;Moffat J;Golland P;Sabatini DM
通讯作者：
Sabatini DM
影响因子：
48
作者：
Amezquita, Robert A.;Lun, Aaron T. L.;Hicks, Stephanie C.
通讯作者：
Hicks, Stephanie C.
影响因子：
48
作者：
de Chaumont, Fabrice;Dallongeville, Stephane;Olivo-Marin, Jean-Christophe
通讯作者：
Olivo-Marin, Jean-Christophe
影响因子：
19.6
作者：
Chen, Xiaoli;Dallmeier-Tiessen, Suenje;Neubert, Sebastian
通讯作者：
Neubert, Sebastian
DOI：
10.1007/3-540-45014-9_1
发表时间：
2000-01-01
期刊：
MULTIPLE CLASSIFIER SYSTEMS
影响因子：
--
作者：
Dietterich, TG
通讯作者：
Dietterich, TG