Ultra-deep sequencing validates safety of CRISPR/Cas9 genome editing in human hematopoietic stem and progenitor cells.
Ultra-deep sequencing validates safety of CRISPR/Cas9 genome editing in human hematopoietic stem and progenitor cells.
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超深测序验证了CRISPR/Cas9基因组编辑在人类造血干细胞和祖细胞中的安全性。
DOI：
10.1038/s41467-022-32233-z
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发表时间：
2022-08-11
影响因子：
16.6
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
随着基于CRISPR的治疗进入临床，安全性评估仍然是一个关键和活跃的研究领域。在这里，我们采用临床下一代测序(NGS)工作流程，以实现高测序深度，并检测与癌症相关的基因外显子、所有外显子和全基因组的超低频变异。在三个不同的原代人类造血干细胞和祖细胞(HSPC)供体中，我们在技术三重评估中，电穿孔针对三个基因座(AAVS1、HbB和ZFPM2)的高保真Cas9蛋白，并在第4天和第10天收集基因组DNA。我们的结果表明，临床上相关的高保真Cas9输送到原代HSPC和体外培养长达10天不会引入或丰富致瘤变体，即使是gRNA间隔区序列中的一个SNP也足以消除原代、具有修复能力的人HSPC中的Cas9脱靶活性。随着基于CRISPR的治疗进入临床，安全性评估仍然是一个关键和活跃的研究领域。在这里，作者使用下一代测序来实现高测序深度，并证明了临床相关的高保真Cas9交付给原代HSPC和体外培养长达10天不会引入或丰富致瘤变体。
As CRISPR-based therapies enter the clinic, evaluation of safety remains a critical and active area of study. Here, we employ a clinical next generation sequencing (NGS) workflow to achieve high sequencing depth and detect ultra-low frequency variants across exons of genes associated with cancer, all exons, and genome wide. In three separate primary human hematopoietic stem and progenitor cell (HSPC) donors assessed in technical triplicates, we electroporated high-fidelity Cas9 protein targeted to three loci (AAVS1, HBB, and ZFPM2) and harvested genomic DNA at days 4 and 10. Our results demonstrate that clinically relevant delivery of high-fidelity Cas9 to primary HSPCs and ex vivo culture up to 10 days does not introduce or enrich for tumorigenic variants and that even a single SNP in a gRNA spacer sequence is sufficient to eliminate Cas9 off-target activity in primary, repair-competent human HSPCs. As CRISPR-based therapies enter the clinic, evaluation of safety remains a critical and active area of study. Here the authors use next generation sequencing to achieve high sequencing depth and demonstrate that clinically relevant delivery of high-fidelity Cas9 to primary HSPCs and ex vivo culture up to 10 days does not introduce or enrich for tumorigenic variants.
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影响因子：
14.8
作者：
Bak RO;Dever DP;Porteus MH
通讯作者：
Porteus MH
影响因子：
46.9
作者：
Hendel A;Bak RO;Clark JT;Kennedy AB;Ryan DE;Roy S;Steinfeld I;Lunstad BD;Kaiser RJ;Wilkens AB;Bacchetta R;Tsalenko A;Dellinger D;Bruhn L;Porteus MH
通讯作者：
Porteus MH
影响因子：
64.8
作者：
Karczewski, Konrad J;Francioli, Laurent C;MacArthur, Daniel G
通讯作者：
MacArthur, Daniel G
DOI：
10.1038/mtna.2014.64
发表时间：
2014-12-02
期刊：
Molecular therapy. Nucleic acids
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
14.9
作者：
Brinkman EK;Chen T;Amendola M;van Steensel B
通讯作者：
van Steensel B