A Centrifuge-Based Method for Identifying Novel Genetic Traits That Affect Root-Substrate Adhesion in Arabidopsis thaliana.
A Centrifuge-Based Method for Identifying Novel Genetic Traits That Affect Root-Substrate Adhesion in Arabidopsis thaliana.
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一种基于遗传标记的方法用于鉴定影响拟南芥根-基质粘附的新遗传性状。
DOI：
10.3389/fpls.2021.602486
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发表时间：
2021
影响因子：
5.6
通讯作者：
Grierson CS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Eldridge BM;Larson ER;Weldon L;Smyth KM;Sellin AN;Chenchiah IV;Liverpool TB;Grierson CS
根的物理存在及其释放的化合物影响根与环境之间的凝聚力。然而，对这些相互作用很重要的植物性状是未知的，并且量化这些性状的贡献的大多数方法是时间密集型的，并且需要专业设备和复杂的基质。我们的实验室开发了一种廉价的，高通量的表型分析，定量拟南芥根基质粘附。我们现在报告说，这种方法具有高灵敏度和通用性，用于识别不同类型的性状影响根基质粘附，包括根毛形态，囊泡运输途径，和根分泌物组成。我们描述了一个实用的协议进行这项试验，并介绍了它的使用在一个正向遗传筛选，以确定新的基因影响根基质相互作用。该测定是鉴定和量化根与其环境之间的凝聚力的遗传贡献的有力工具。
The physical presence of roots and the compounds they release affect the cohesion between roots and their environment. However, the plant traits that are important for these interactions are unknown and most methods that quantify the contributions of these traits are time-intensive and require specialist equipment and complex substrates. Our lab developed an inexpensive, high-throughput phenotyping assay that quantifies root-substrate adhesion in Arabidopsis thaliana. We now report that this method has high sensitivity and versatility for identifying different types of traits affecting root-substrate adhesion including root hair morphology, vesicle trafficking pathways, and root exudate composition. We describe a practical protocol for conducting this assay and introduce its use in a forward genetic screen to identify novel genes affecting root-substrate interactions. This assay is a powerful tool for identifying and quantifying genetic contributions to cohesion between roots and their environment.
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DOI：
10.1111/nph.14897
发表时间：
2018-03
期刊：
The New phytologist
影响因子：
--
作者：
Galloway AF;Pedersen MJ;Merry B;Marcus SE;Blacker J;Benning LG;Field KJ;Knox JP
通讯作者：
Knox JP
影响因子：
11.6
作者：
Anderson, JP;Badruzsaufari, E;Kazan, K
通讯作者：
Kazan, K
影响因子：
11.6
作者：
Diet, Anouck;Link, Bruce;Ringli, Christoph
通讯作者：
Ringli, Christoph
影响因子：
56.9
作者：
Alonso, JM;Stepanova, AN;Ecker, JR
通讯作者：
Ecker, JR
影响因子：
3.9
作者：
De Baets, S.;Poesen, J.
通讯作者：
Poesen, J.