Integrative Multi-omics Landscape of Non-structural Protein 3 of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronaviruses.
Integrative Multi-omics Landscape of Non-structural Protein 3 of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronaviruses.
复制标题
严重急性呼吸系统综合症冠状病毒非结构蛋白 3 的综合多组学景观
DOI：
10.1016/j.gpb.2021.09.007
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发表时间：
2021-10
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Zhang X
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shi R;Feng Z;Zhang X
由严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 感染引起的 2019 冠状病毒病 (COVID-19) 目前是全球大流行。已经进行了广泛的调查来研究 SARS-CoV-2 感染的临床和细胞影响。基于质谱的蛋白质组学研究揭示了感染引起的细胞变化，并确定了除最长的非结构蛋白 3 (NSP3) 之外的所有 SARS-CoV-2 成分的大量相互作用因子。在这里，我们表达了 SARS-CoV 和 SARS-CoV-2 的全长 NSP3 蛋白，以使用多组学方法研究它们独特和共享的功能。我们对表达 NSP3 的细胞进行了相互作用组、磷酸化蛋白质组、泛素组、转录组和蛋白质组分析。我们发现 NSP3 在 RNA 代谢和免疫反应（例如 NF-κB 信号转导）等细胞功能中发挥重要作用。有趣的是，我们发现 SARS-CoV-2 NSP3 具有内质网和线粒体定位。此外，SARS-CoV-2 NSP3与线粒体核糖体蛋白关系更密切，而SARS-CoV NSP3与胞质核糖体蛋白相关。总之，我们对 NSP3 的综合多组学研究提高了对 NSP3 功能的理解，并为抗 SARS 策略的开发提供了潜在的靶标。
The coronavirus disease 2019 (COVID-19) caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection is currently a global pandemic. Extensive investigations have been performed to study the clinical and cellular effects of SARS-CoV-2 infection. Mass spectrometry-based proteomics studies have revealed the cellular changes due to the infection and identified a plethora of interactors for all SARS-CoV-2 components, except for the longest non-structural protein 3 (NSP3). Here, we expressed the full-length NSP3 proteins of SARS-CoV and SARS-CoV-2 to investigate their unique and shared functions using multi-omics methods. We conducted interactome, phosphoproteome, ubiquitylome, transcriptome, and proteome analyses of NSP3-expressing cells. We found that NSP3 plays essential roles in cellular functions such as RNA metabolism and immune response (e.g., NF-κB signal transduction). Interestingly, we showed that SARS-CoV-2 NSP3 has both endoplasmic reticulum and mitochondrial localizations. In addition, SARS-CoV-2 NSP3 is more closely related to mitochondrial ribosomal proteins, whereas SARS-CoV NSP3 is related to the cytosolic ribosomal proteins. In summary, our integrative multi-omics study of NSP3 improves the understanding of the functions of NSP3 and offers potential targets for the development of anti-SARS strategies.
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影响因子：
3.7
作者：
Armstrong LA;Lange SM;Dee Cesare V;Matthews SP;Nirujogi RS;Cole I;Hope A;Cunningham F;Toth R;Mukherjee R;Bojkova D;Gruber F;Gray D;Wyatt PG;Cinatl J;Dikic I;Davies P;Kulathu Y
通讯作者：
Kulathu Y
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Gorbalenya, Alexander E.;Baker, Susan C.;Ziebuhr, John
通讯作者：
Ziebuhr, John
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Bouhaddou, Mehdi;Memon, Danish;Krogan, Nevan J.
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通讯作者：
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