ViSEN: methodology and software for visualization of statistical epistasis networks.
ViSEN: methodology and software for visualization of statistical epistasis networks.
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DOI：
10.1002/gepi.21718
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发表时间：
2013-04
影响因子：
2.1
通讯作者：
Moore, Jason H.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hu, Ting;Chen, Yuanzhu;Kiralis, Jeff W.;Moore, Jason H.
关键词：
多个遗传因素之间的非线性相互作用效应，即上位性，已被认为是理解复杂人类疾病和表型性状潜在遗传基础的关键组成部分。由于统计和计算的复杂性，大多数上位性研究局限于二阶相互作用。我们开发了ViSEN来分析和可视化双向及三向的上位性相互作用。ViSEN不仅能识别基因属性对或三元组之间的强相互作用，还能提供一个显示邻域和聚类结构的全局相互作用图谱。这种可视化信息对于推断复杂疾病的潜在遗传结构以及为进一步的生物学验证提出合理的假设非常有帮助。ViSEN是用Java实现的，可在https://sourceforge.net/projects/visen/免费获取。
The non-linear interaction effect among multiple genetic factors, i.e. epistasis, has been recognized as a key component in understanding the underlying genetic basis of complex human diseases and phenotypic traits. Due to the statistical and computational complexity, most epistasis studies are limited to interactions with an order of two. We developed ViSEN to analyze and visualize epistatic interactions of both two-way and three-way. ViSEN not only identifies strong interactions among pairs or trios of genetic attributes, but also provides a global interaction map that shows neighborhood and clustering structures. This visualized information could be very helpful to infer the underlying genetic architecture of complex diseases and to generate plausible hypotheses for further biological validations. ViSEN is implemented in Java and freely available at https://sourceforge.net/projects/visen/.
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DOI：
10.1038/nrg2579
发表时间：
2009-06
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
Cordell HJ
通讯作者：
Cordell HJ
使用统计上居性网络在人类疾病关联研究中表征遗传相互作用。
影响因子：
3
作者：
Hu T;Sinnott-Armstrong NA;Kiralis JW;Andrew AS;Karagas MR;Moore JH
通讯作者：
Moore JH
DOI：
10.1056/nejmra0808700
发表时间：
2009-04-23
期刊：
The New England journal of medicine
影响因子：
--
作者：
Hardy J;Singleton A
通讯作者：
Singleton A
DOI：
10.1038/ejhg.2009.38
发表时间：
2009-10
期刊：
European journal of human genetics : EJHG
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
2.1
作者：
Fan, R.;Zhong, M.;Wang, S.;Zhang, Y.;Andrew, A.;Karagas, M.;Chen, H.;Amos, C. I.;Xiong, M.;Moore, J. H.
通讯作者：
Moore, J. H.