Automated array-CGH optimized for archival formalin-fixed, paraffin-embedded tumor material.
Automated array-CGH optimized for archival formalin-fixed, paraffin-embedded tumor material.
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自动化阵列CGH用于用于档案中的福尔马林固定，石蜡包裹的肿瘤材料。
DOI：
10.1186/1471-2407-7-43
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发表时间：
2007-03-07
期刊：
影响因子：
3.8
通讯作者：
Nederlof, Petra M.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Joosse, Simon A.;van Beers, Erik H.;Nederlof, Petra M.
阵列比较基因组杂交 (aCGH) 是一项快速发展的技术，但仍缺乏完整的标准化。然而，获得可靠且可重复的数据以实现有意义的多重杂交比较非常重要。当对档案福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 组织进行 aCGH 时，由于其 DNA 质量可变，会出现特殊困难。最近，我们开发了一种有效的 DNA 质量测试，可以预测档案样本是否适合 BAC aCGH。在本报告中，我们首先使用癌细胞系 (SKBR3) 的 DNA 来优化自动杂交的 aCGH 方案，随后优化和验证了 FFPE 乳腺癌样品的程序。我们的目标是实现适用于 FFPE 样品的最高通量、准确性和重现性，这在未来的诊断用途中也很重要。与已发表的数据和我们之前的手动杂交方法相比，我们对存档 FFPE ULS 标记 DNA 进行自动阵列 CGH 的方案显示出非常相似的结果。该报告使用非酶 ULS 标记将自动化 aCGH 结合到未扩增的档案 FFPE DNA 上，并描述了这种组合的优化方案，从而提高了质量和重现性。
Array Comparative Genomic Hybridization (aCGH) is a rapidly evolving technology that still lacks complete standardization. Yet, it is of great importance to obtain robust and reproducible data to enable meaningful multiple hybridization comparisons. Special difficulties arise when aCGH is performed on archival formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue due to its variable DNA quality. Recently, we have developed an effective DNA quality test that predicts suitability of archival samples for BAC aCGH. In this report, we first used DNA from a cancer cell-line (SKBR3) to optimize the aCGH protocol for automated hybridization, and subsequently optimized and validated the procedure for FFPE breast cancer samples. We aimed for highest throughput, accuracy, and reproducibility applicable to FFPE samples, which can also be important in future diagnostic use. Our protocol of automated array-CGH on archival FFPE ULS-labeled DNA showed very similar results compared with published data and our previous manual hybridization method. This report combines automated aCGH on unamplified archival FFPE DNA using non-enzymatic ULS labeling, and describes an optimized protocol for this combination resulting in improved quality and reproducibility.
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DOI：
10.1186/bcr1370
发表时间：
2006
期刊：
Breast cancer research : BCR
影响因子：
--
作者：
Shadeo A;Lam WL
通讯作者：
Lam WL
影响因子：
4.1
作者：
DeVries, S;Nyante, S;Waldman, F
通讯作者：
Waldman, F
DOI：
10.1073/pnas.162471999
发表时间：
2002-10-01
影响因子：
11.1
作者：
Pollack, JR;Sorlie, T;Brown, PO
通讯作者：
Brown, PO
影响因子：
7.4
作者：
van Beers, Erik H.;Nederlof, Petra M.
通讯作者：
Nederlof, Petra M.
影响因子：
2.7
作者：
Raap, AK;van der Burg, MJM;Tanke, HJ
通讯作者：
Tanke, HJ