Genome structure of the legume, Lotus japonicus.
Genome structure of the legume, Lotus japonicus.
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DOI：
10.1093/dnares/dsn008
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发表时间：
2008-08
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Tabata S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sato S;Nakamura Y;Kaneko T;Asamizu E;Kato T;Nakao M;Sasamoto S;Watanabe A;Ono A;Kawashima K;Fujishiro T;Katoh M;Kohara M;Kishida Y;Minami C;Nakayama S;Nakazaki N;Shimizu Y;Shinpo S;Takahashi C;Wada T;Yamada M;Ohmido N;Hayashi M;Fukui K;Baba T;Nakamichi T;Mori H;Tabata S
豆科植物莲花被广泛用作研究豆科植物共生固氮等特有现象的遗传背景的模式系统。在这里，我们报告了日本血吸虫基因组的结构特征。在本研究和以前的研究中确定的315.1-Mb序列对应于基因组的67%(472Mb)，并可能覆盖91.3%的基因空间。将130-Mb序列锚定在6个连锁群上。基因组共分配了10,951个蛋白质编码基因的完整结构和19,848个部分结构。对这些基因的比较分析揭示了日本血吸虫特有的几个功能结构域和基因家族的扩展。同步性分析检测到全基因组复制的痕迹，并在不同程度上存在与其他植物基因组的同步性区块。这项研究为探索豆科植物复杂而独特的遗传系统提供了第一次机会。
The legume Lotus japonicus has been widely used as a model system to investigate the genetic background of legume-specific phenomena such as symbiotic nitrogen fixation. Here, we report structural features of the L. japonicus genome. The 315.1-Mb sequences determined in this and previous studies correspond to 67% of the genome (472 Mb), and are likely to cover 91.3% of the gene space. Linkage mapping anchored 130-Mb sequences onto the six linkage groups. A total of 10 951 complete and 19 848 partial structures of protein-encoding genes were assigned to the genome. Comparative analysis of these genes revealed the expansion of several functional domains and gene families that are characteristic of L. japonicus. Synteny analysis detected traces of whole-genome duplication and the presence of synteny blocks with other plant genomes to various degrees. This study provides the first opportunity to look into the complex and unique genetic system of legumes.
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