CHOPCHOP: a CRISPR/Cas9 and TALEN web tool for genome editing.
CHOPCHOP: a CRISPR/Cas9 and TALEN web tool for genome editing.
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DOI：
10.1093/nar/gku410
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发表时间：
2014-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Valen E
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Montague TG;Cruz JM;Gagnon JA;Church GM;Valen E
最近，随着 TALEN 和 CRISPR/Cas9 方法的发展，基因组编辑取得了重大进展。实施这些技术的速度和便利性导致了突变体和转基因生物的爆炸式增长。有效应用 TALEN 和 CRISPR/Cas9 方法的限速步骤是靶向构建体的选择和设计。我们开发了一个在线工具 CHOPCHOP (https://chopchop.rc.fas.harvard.edu)，以加快设计过程。 CHOPCHOP 接受广泛的输入（基因标识符、基因组区域或粘贴序列），并提供一系列用于目标选择的高级选项。它使用高效的序列比对算法来最大限度地减少搜索时间，并严格预测单向导 RNA (sgRNA) 和 TALEN 的脱靶结合。每个查询都会生成基因的交互式可视化，其中候选目标位点显示在其基因组位置，并根据质量分数进行颜色编码。此外，对于每个可能的目标位点，限制性位点和候选引物都是可视化的，有助于简化突变体生成和验证的流程。 CHOPCHOP 的易用性和速度使其成为基因组工程的宝贵工具。
Major advances in genome editing have recently been made possible with the development of the TALEN and CRISPR/Cas9 methods. The speed and ease of implementing these technologies has led to an explosion of mutant and transgenic organisms. A rate-limiting step in efficiently applying TALEN and CRISPR/Cas9 methods is the selection and design of targeting constructs. We have developed an online tool, CHOPCHOP (https://chopchop.rc.fas.harvard.edu), to expedite the design process. CHOPCHOP accepts a wide range of inputs (gene identifiers, genomic regions or pasted sequences) and provides an array of advanced options for target selection. It uses efficient sequence alignment algorithms to minimize search times, and rigorously predicts off-target binding of single-guide RNAs (sgRNAs) and TALENs. Each query produces an interactive visualization of the gene with candidate target sites displayed at their genomic positions and color-coded according to quality scores. In addition, for each possible target site, restriction sites and primer candidates are visualized, facilitating a streamlined pipeline of mutant generation and validation. The ease-of-use and speed of CHOPCHOP make it a valuable tool for genome engineering.
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