Transcriptional and epi-transcriptional dynamics of SARS-CoV-2 during cellular infection.
Transcriptional and epi-transcriptional dynamics of SARS-CoV-2 during cellular infection.
复制标题
DOI：
10.1016/j.celrep.2021.109108
复制
发表时间：
2021-05-11
期刊：
影响因子：
8.8
通讯作者：
Coin LJM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chang JJ;Rawlinson D;Pitt ME;Taiaroa G;Gleeson J;Zhou C;Mordant FL;De Paoli-Iseppi R;Caly L;Purcell DFJ;Stinear TP;Londrigan SL;Clark MB;Williamson DA;Subbarao K;Coin LJM
严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）使用亚基因组RNA（sgRNA）产生病毒蛋白，用于复制和免疫逃避。我们将长读RNA和cDNA测序应用于体外人类和灵长类动物感染模型，以研究转录动力学。转录调节序列（TRS）依赖性sgRNA在感染中比TRS非依赖性sgRNA更早上调。一类丰富的TRS非依赖性sgRNA由含有nsp 1的开放阅读框1ab（ORF 1ab）的一部分组成，与ORF 10连接，并且3 '非翻译区（UTR）在人类细胞系中感染后48 h上调。我们鉴定了含有TRS依赖性和非依赖性连接的双连接sgRNA。我们发现SARS-CoV-2基因组的多个位点始终比sgRNA修饰更多，并且sgRNA修饰在转录簇，宿主细胞和感染后的时间内是稳定的。我们的工作突出了SARS-CoV-2转录组在其复制周期中的动态性质。SARS-CoV-2是导致全球COVID-19大流行的病原体。Chang等人证明SARS-CoV-2的转录组是动态的和复杂的，病毒mRNA的表达和相对比例变化以反映体外感染的阶段。相反，表观转录组在整个感染过程中是稳定的。
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) uses subgenomic RNA (sgRNA) to produce viral proteins for replication and immune evasion. We apply long-read RNA and cDNA sequencing to in vitro human and primate infection models to study transcriptional dynamics. Transcription-regulating sequence (TRS)-dependent sgRNA upregulates earlier in infection than TRS-independent sgRNA. An abundant class of TRS-independent sgRNA consisting of a portion of open reading frame 1ab (ORF1ab) containing nsp1 joins to ORF10, and the 3′ untranslated region (UTR) upregulates at 48 h post-infection in human cell lines. We identify double-junction sgRNA containing both TRS-dependent and -independent junctions. We find multiple sites at which the SARS-CoV-2 genome is consistently more modified than sgRNA and that sgRNA modifications are stable across transcript clusters, host cells, and time since infection. Our work highlights the dynamic nature of the SARS-CoV-2 transcriptome during its replication cycle. SARS-CoV-2 is the pathogen that is responsible for the global COVID-19 pandemic. Chang et al. demonstrate that the transcriptome of SARS-CoV-2 is dynamic and complex, with expression and relative proportions of viral mRNA changing to reflect the stage of infection in vitro. In contrast, the epi-transcriptome is stable throughout infection.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1093/bioinformatics/btr215
发表时间：
2011-07-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Sato K;Kato Y;Hamada M;Akutsu T;Asai K
通讯作者：
Asai K
影响因子：
5.8
作者：
Gu, Zuguang;Eils, Roland;Schlesner, Matthias
通讯作者：
Schlesner, Matthias
DOI：
10.1093/bioinformatics/btz586
发表时间：
2019-12-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
14.9
作者：
Kalvari I;Argasinska J;Quinones-Olvera N;Nawrocki EP;Rivas E;Eddy SR;Bateman A;Finn RD;Petrov AI
通讯作者：
Petrov AI
模因套件：用于发现和搜索的工具。
影响因子：
14.9
作者：
Bailey TL;Boden M;Buske FA;Frith M;Grant CE;Clementi L;Ren J;Li WW;Noble WS
通讯作者：
Noble WS