A curated collection of human vaccination response signatures.
A curated collection of human vaccination response signatures.
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DOI：
10.1038/s41597-022-01558-1
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发表时间：
2022-11-08
期刊：
影响因子：
9.8
通讯作者：
Kleinstein, Steven H.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Smith, Kenneth C.;Chawla, Daniel G.;Dhillon, Bhavjinder K.;Ji, Zhou;Vita, Randi;van der Leest, Eva C.;Weng, Jing Yi Jessica;Tang, Ernest;Abid, Amani;Peters, Bjoern;Hancock, Robert E. W.;Floratos, Aris;Kleinstein, Steven H.
在高通量实验和系统生物学方法方面的最新进展导致了数百篇确定“免疫特征”的出版物。不幸的是，这些信息通常在文本、图形或表格中以不适合计算处理的格式进行描述，从而严重阻碍了我们充分利用这些信息的能力。在这里，我们提供了一个表示免疫签名的数据模型，以及人类免疫学项目联盟(HIPC)Dashboard(www.hic-dashboard.org)，这是一个支持Web的应用程序，可以方便地访问和查询签名。数据模型捕获生物响应成分(例如，基因、蛋白质、细胞类型或代谢物)和描述使用来自已建立资源(例如，HGNC、蛋白质本体论、细胞本体论)的标准化术语来标识签名的上下文的元数据。我们手动整理了一组>；600免疫签名，这些签名来自>；60项已发表的研究，这些研究描述了当前版本的人类疫苗接种反应。该系统将通过使研究人员能够轻松地访问和询问已公布的免疫签名，帮助建立对人类对刺激的免疫反应的更广泛的了解。
Recent advances in high-throughput experiments and systems biology approaches have resulted in hundreds of publications identifying “immune signatures”. Unfortunately, these are often described within text, figures, or tables in a format not amenable to computational processing, thus severely hampering our ability to fully exploit this information. Here we present a data model to represent immune signatures, along with the Human Immunology Project Consortium (HIPC) Dashboard (www.hipc-dashboard.org), a web-enabled application to facilitate signature access and querying. The data model captures the biological response components (e.g., genes, proteins, cell types or metabolites) and metadata describing the context under which the signature was identified using standardized terms from established resources (e.g., HGNC, Protein Ontology, Cell Ontology). We have manually curated a collection of >600 immune signatures from >60 published studies profiling human vaccination responses for the current release. The system will aid in building a broader understanding of the human immune response to stimuli by enabling researchers to easily access and interrogate published immune signatures.
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影响因子：
14.9
作者：
Kuleshov MV;Jones MR;Rouillard AD;Fernandez NF;Duan Q;Wang Z;Koplev S;Jenkins SL;Jagodnik KM;Lachmann A;McDermott MG;Monteiro CD;Gundersen GW;Ma'ayan A
通讯作者：
Ma'ayan A
影响因子：
14.9
作者：
Ritchie ME;Phipson B;Wu D;Hu Y;Law CW;Shi W;Smyth GK
通讯作者：
Smyth GK
影响因子：
14.9
作者：
Vita R;Mahajan S;Overton JA;Dhanda SK;Martini S;Cantrell JR;Wheeler DK;Sette A;Peters B
通讯作者：
Peters B
影响因子：
9.8
作者：
Bhattacharya S;Dunn P;Thomas CG;Smith B;Schaefer H;Chen J;Hu Z;Zalocusky KA;Shankar RD;Shen-Orr SS;Thomson E;Wiser J;Butte AJ
通讯作者：
Butte AJ
影响因子：
14.9
作者：
Mi H;Poudel S;Muruganujan A;Casagrande JT;Thomas PD
通讯作者：
Thomas PD