StrainGE: a toolkit to track and characterize low-abundance strains in complex microbial communities.
StrainGE: a toolkit to track and characterize low-abundance strains in complex microbial communities.
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DOI：
10.1186/s13059-022-02630-0
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发表时间：
2022-03-07
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Earl AM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
van Dijk LR;Walker BJ;Straub TJ;Worby CJ;Grote A;Schreiber HL 4th;Anyansi C;Pickering AJ;Hultgren SJ;Manson AL;Abeel T;Earl AM
与人类相关的微生物群落不仅包含细菌物种的复杂混合物，还包含同种菌株的混合物，其影响大多未知，因为由于研究它们的困难，菌株水平动态尚未得到充分探索。我们推出了菌株基因组浏览器 (StrainGE) 工具包，该工具包可以对菌株混合物进行解卷积，并通过短读长宏基因组测序在核苷酸水平上表征组分菌株，其灵敏度和分辨率比其他工具更高。 StrainGE 能够以 0.1 倍覆盖率识别菌株，并以低至 0.5 倍覆盖率检测样本中多个同种菌株的变异。在线版本包含可在 10.1186/s13059-022-02630-0 获取的补充材料。
Human-associated microbial communities comprise not only complex mixtures of bacterial species, but also mixtures of conspecific strains, the implications of which are mostly unknown since strain level dynamics are underexplored due to the difficulties of studying them. We introduce the Strain Genome Explorer (StrainGE) toolkit, which deconvolves strain mixtures and characterizes component strains at the nucleotide level from short-read metagenomic sequencing with higher sensitivity and resolution than other tools. StrainGE is able to identify strains at 0.1x coverage and detect variants for multiple conspecific strains within a sample from coverages as low as 0.5x. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s13059-022-02630-0.
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