BioRuby: bioinformatics software for the Ruby programming language.
BioRuby: bioinformatics software for the Ruby programming language.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq475
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发表时间：
2010-10-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Katayama T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Goto N;Prins P;Nakao M;Bonnal R;Aerts J;Katayama T
总结：BioRuby软件工具包包含一套全面的免费开发工具和库，用于生物信息学和分子生物学，用Ruby编程语言编写。BioRuby具有用于序列分析、途径分析、蛋白质建模和系统发育分析的组件;它支持许多广泛使用的数据格式，并提供对数据库、外部程序和公共网络服务的轻松访问，包括BLAST、KEGG、GenBank、MEDLINE和GO。BioRuby附带了一个教程，文档和一个交互式环境，可以在shell和Web浏览器中使用。可用性：BioRuby是免费的开源软件，在Ruby许可证下提供。BioRuby可以在所有支持Ruby的平台上运行，包括Linux、Mac OS X和Windows。而且，使用JRuby，BioRuby在Java虚拟机上运行。源代码可从http://www.bioruby.org/获得。联系人：katayama@bioruby.org
Summary: The BioRuby software toolkit contains a comprehensive set of free development tools and libraries for bioinformatics and molecular biology, written in the Ruby programming language. BioRuby has components for sequence analysis, pathway analysis, protein modelling and phylogenetic analysis; it supports many widely used data formats and provides easy access to databases, external programs and public web services, including BLAST, KEGG, GenBank, MEDLINE and GO. BioRuby comes with a tutorial, documentation and an interactive environment, which can be used in the shell, and in the web browser. Availability: BioRuby is free and open source software, made available under the Ruby license. BioRuby runs on all platforms that support Ruby, including Linux, Mac OS X and Windows. And, with JRuby, BioRuby runs on the Java Virtual Machine. The source code is available from http://www.bioruby.org/. Contact: katayama@bioruby.org
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影响因子：
5.8
作者：
Holland, R. C. G.;Down, T. A.;Pocock, M.;Prlic, A.;Huen, D.;James, K.;Foisy, S.;Draeger, A.;Yates, A.;Heuer, M.;Schreiber, M. J.
通讯作者：
Schreiber, M. J.
影响因子：
14.9
作者：
Kanehisa M;Araki M;Goto S;Hattori M;Hirakawa M;Itoh M;Katayama T;Kawashima S;Okuda S;Tokimatsu T;Yamanishi Y
通讯作者：
Yamanishi Y
Biopython：用于计算分子生物学和生物信息学的免费 Python 工具。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp163
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Cock PJ;Antao T;Chang JT;Chapman BA;Cox CJ;Dalke A;Friedberg I;Hamelryck T;Kauff F;Wilczynski B;de Hoon MJ
通讯作者：
de Hoon MJ
影响因子：
3
作者：
Metlagel, Zoltan;Kikkawa, Yayoi S.;Kikkawa, Masahide
通讯作者：
Kikkawa, Masahide
影响因子：
14.9
作者：
Biegert A;Mayer C;Remmert M;Söding J;Lupas AN
通讯作者：
Lupas AN