TOPALi v2: a rich graphical interface for evolutionary analyses of multiple alignments on HPC clusters and multi-core desktops.
TOPALi v2: a rich graphical interface for evolutionary analyses of multiple alignments on HPC clusters and multi-core desktops.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btn575
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发表时间：
2009-01-01
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Wright, Frank
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Milne, Iain;Lindner, Dominik;Bayer, Micha;Husmeier, Dirk;McGuire, Grainne;Marshall, David F.;Wright, Frank
摘要：TOPALi v2简化和自动化了多个序列比对进化分析方法的使用。作业从Java图形用户界面作为TOPALi web服务提交，可以在高性能计算集群上远程运行，也可以在本地运行（支持多个核心）。现有的方法包括使用贝叶斯推理和最大似然（ML）方法的模型选择和系统发育树估计，以及重组检测方法。对于蛋白质或核酸（标准的，或使用密码子位置模型的蛋白质编码）数据，可以使用由树和替代模型的ML共估计得出的精确统计标准来选择最佳替代模型。可用的系统发育软件包括PhyML， RAxML和MrBayes。可用性：可从http://www.topali.org免费下载，适用于Windows、Mac OS X、Linux和Solaris。联系人:iain.milne@scri.ac.uk
Summary: TOPALi v2 simplifies and automates the use of several methods for the evolutionary analysis of multiple sequence alignments. Jobs are submitted from a Java graphical user interface as TOPALi web services to either run remotely on high-performance computing clusters or locally (with multiple cores supported). Methods available include model selection and phylogenetic tree estimation using the Bayesian inference and maximum likelihood (ML) approaches, in addition to recombination detection methods. The optimal substitution model can be selected for protein or nucleic acid (standard, or protein-coding using a codon position model) data using accurate statistical criteria derived from ML co-estimation of the tree and the substitution model. Phylogenetic software available includes PhyML, RAxML and MrBayes. Availability: Freely downloadable from http://www.topali.org for Windows, Mac OS X, Linux and Solaris. Contact: iain.milne@scri.ac.uk
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