e-LEA3D: a computational-aided drug design web server.
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DOI：
10.1093/nar/gkq322
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发表时间：
2010-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Douguet D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Douguet D
E-LEA3D网络服务器集成了三个互补的工具来执行基于分子片段的计算机辅助药物设计。在药物发现项目中，人们对寻找新的和多样化的分子支架以提高成功机会有相当大的兴趣。从头开始药物设计工具用于发明新的配体，以优化用户指定的评分功能。综合评分功能包括基于结构和基于配体的评估。从头开始方法是对大型化合物集合进行盲目虚拟筛选的一种替代方法。基于遗传算法的启发式算法可以快速找到哪些片段或片段组合符合QSAR模型或蛋白质的结合位置。虽然这种方法非常适合于脚手架跳跃，但该模块也允许扫描用户指定的脚手架的可能取代基。第二个工具提供了对上传的化合物库进行传统的虚拟筛选和过滤。第三个模块涉及组合库设计，它基于用户绘制的脚手架和例如来自化学品供应商的反应物。E-LEA3D服务器的网址是：http://bioinfo.ipmc.cnrs.fr/lea.html.。
e-LEA3D web server integrates three complementary tools to perform computer-aided drug design based on molecular fragments. In drug discovery projects, there is a considerable interest in identifying novel and diverse molecular scaffolds to enhance chances of success. The de novo drug design tool is used to invent new ligands to optimize a user-specified scoring function. The composite scoring function includes both structure- and ligand-based evaluations. The de novo approach is an alternative to a blind virtual screening of large compound collections. A heuristic based on a genetic algorithm rapidly finds which fragments or combination of fragments fit a QSAR model or the binding site of a protein. While the approach is ideally suited for scaffold-hopping, this module also allows a scan for possible substituents to a user-specified scaffold. The second tool offers a traditional virtual screening and filtering of an uploaded library of compounds. The third module addresses the combinatorial library design that is based on a user-drawn scaffold and reactants coming, for example, from a chemical supplier. The e-LEA3D server is available at: http://bioinfo.ipmc.cnrs.fr/lea.html.
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