MIRU-VNTRplus: a web tool for polyphasic genotyping of Mycobacterium tuberculosis complex bacteria.
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DOI：
10.1093/nar/gkq351
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发表时间：
2010-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Harmsen D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Weniger T;Krawczyk J;Supply P;Niemann S;Harmsen D
统一的细菌分型以及轻松识别本地或国际传播的克隆对于流行病学监测和疾病控制至关重要。对于结核分枝杆菌复合体（MTBC）物种，针对分枝杆菌散布重复单元（MIRU）的多位点可变数量串联重复分析（MLVA）已被国际采用作为新的标准、便携式、可重复性和歧视性分型方法。然而，没有专门的生物信息学 Web 工具可用于结合其他补充类型数据来分析 MLVA 数据。因此，我们开发了网络应用程序 MIRU-VNTRplus (http://www.miru-vntrplus.org)。这项免费服务允许用户单独分析其菌株的基因分型数据，或与代表主要 MTBC 谱系的菌株参考数据库进行比较。基因型的分析和比较可以基于MLVA、spoligotype、大序列多态性和单核苷酸多态性数据，或基于这些标记的加权组合。数据探索工具包括搜索相似菌株、创建系统发育树和最小生成树以及地理信息绘图。为了促进科学交流，已经实施了可通过 Web 或 SOAP 界面查询的扩展基因型命名法（MLVA MtbC15-9 类型）。丰富的文档指导用户完成所有应用程序功能。
Harmonized typing of bacteria and easy identification of locally or internationally circulating clones are essential for epidemiological surveillance and disease control. For Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) species, multi-locus variable number tandem repeat analysis (MLVA) targeting mycobacterial interspersed repetitive units (MIRU) has been internationally adopted as the new standard, portable, reproducible and discriminatory typing method. However, no specialized bioinformatics web tools are available for analysing MLVA data in combination with other, complementary typing data. Therefore, we have developed the web application MIRU-VNTRplus (http://www.miru-vntrplus.org). This freely accessible service allows users to analyse genotyping data of their strains alone or in comparison with a reference database of strains representing the major MTBC lineages. Analysis and comparisons of genotypes can be based on MLVA-, spoligotype-, large sequence polymorphism and single nucleotide polymorphism data, or on a weighted combination of these markers. Tools for data exploration include search for similar strains, creation of phylogenetic and minimum spanning trees and mapping of geographic information. To facilitate scientific communication, an expanding genotype nomenclature (MLVA MtbC15-9 type) that can be queried via a web- or a SOAP-interface has been implemented. An extensive documentation guides users through all application functions.
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