A rational design of completely random shRNA library.
A rational design of completely random shRNA library.
复制标题
完全随机shRNA文库的合理设计。
DOI：
10.1016/j.bbrc.2012.11.126
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发表时间：
2013-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Yao L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yang G;Yuan L;Lu X;Lu Z;Yao L
已经确定，shRNA文库对于筛选参与感兴趣的生物学途径的重要基因具有显著优势。目前，可用的文库主要针对人和小鼠中已知的蛋白质基因。随着lncRNA在生物学中作用的不断扩大，设计靶向这些非编码RNA的shRNAs成为迫切的需求。在这方面，靶向具有已知或未知序列的所有基因的完全随机的shRNA文库是优先的。在这里，我们提供了一个实用的工作流程，构建这样一个随机的shRNA文库。在新的shRNA文库中，大约有数十种不同的shRNA靶向一个基因，从而显著避免了脱靶效应。
It has been well established that the shRNA library has a significant advantage for screening the important genes involved in the interested biological pathways. Currently, the available libraries mainly target the known protein genes in human and mouse. With the expanding roles of lncRNA in biology, there is a great demand to design shRNAs targeting these non-coding RNAs. In this regard, a completely random shRNA library targeting all the genes with known or unknown sequences is of priority. Here we provide a practical workflow for construction of such a random shRNA library. In the novel shRNA library, there are about tens of different shRNAs targeting one gene, and thus significantly avoids the off-target effects.
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