KinaseMD: kinase mutations and drug response database.
KinaseMD: kinase mutations and drug response database.
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DOI：
10.1093/nar/gkaa945
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发表时间：
2021-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Zhao Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hu R;Xu H;Jia P;Zhao Z
激酶的突变是丰富的，对于研究人类疾病，特别是癌症中的信号通路和调节作用至关重要。激酶基因的体细胞突变可影响药物治疗，包括对临床使用的激酶抑制剂的敏感性和耐药性。在这里，我们提出了一个新构建的数据库，激酶MD（激酶突变和药物反应），结构和功能注释激酶突变。KinaseMD整合了679 374个体细胞突变，251 522个网络重新连接事件和390 460个药物反应记录，这些记录来自547种激酶的各种来源。我们独特地注释了文献中与激酶抑制剂耐药相关的四种类型蛋白质亚结构（看门人，A环，G环和α C螺旋）中的突变和激酶抑制剂反应。此外，我们注释了可能重新连接激酶调节网络的功能突变，并报告了四种磷酸化信号（获得，丢失，上调和下调）。总体而言，KinaseMD提供了关于突变的最新信息，药物反应的独特注释，特别是耐药性和激酶的功能位点。KinaseMD可通过https：//bioinfo.uth.edu/kmd/访问，具有搜索、浏览和下载数据的功能。据我们所知，这些结构突变与激酶抑制剂反应有关，目前尚无系统的注释。总之，KinaseMD是激酶突变和药物反应的集中数据库。
Mutations in kinases are abundant and critical to study signaling pathways and regulatory roles in human disease, especially in cancer. Somatic mutations in kinase genes can affect drug treatment, both sensitivity and resistance, to clinically used kinase inhibitors. Here, we present a newly constructed database, KinaseMD (kinase mutations and drug response), to structurally and functionally annotate kinase mutations. KinaseMD integrates 679 374 somatic mutations, 251 522 network-rewiring events, and 390 460 drug response records curated from various sources for 547 kinases. We uniquely annotate the mutations and kinase inhibitor response in four types of protein substructures (gatekeeper, A-loop, G-loop and αC-helix) that are linked to kinase inhibitor resistance in literature. In addition, we annotate functional mutations that may rewire kinase regulatory network and report four phosphorylation signals (gain, loss, up-regulation and down-regulation). Overall, KinaseMD provides the most updated information on mutations, unique annotations of drug response especially drug resistance and functional sites of kinases. KinaseMD is accessible at https://bioinfo.uth.edu/kmd/, having functions for searching, browsing and downloading data. To our knowledge, there has been no systematic annotation of these structural mutations linking to kinase inhibitor response. In summary, KinaseMD is a centralized database for kinase mutations and drug response.
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Chiu YY;Lin CT;Huang JW;Hsu KC;Tseng JH;You SR;Yang JM
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Liu, Pengda;Gan, Wenjian;Inuzuka, Hiroyuki;Lazorchak, Adam S.;Gao, Daming;Arojo, Omotooke;Liu, Dou;Wan, Lixin;Zhai, Bo;Yu, Yonghao;Yuan, Min;Kim, Byeong Mo;Shaik, Shavali;Menon, Suchithra;Gygi, Steven P.;Lee, Tae Ho;Asara, John M.;Manning, Brendan D.;Blenis, John;Su, Bing;Wei, Wenyi
通讯作者：
Wei, Wenyi
DOI：
10.3390/molecules23040908
发表时间：
2018-04-15
期刊：
Molecules (Basel, Switzerland)
影响因子：
--
作者：
Carles F;Bourg S;Meyer C;Bonnet P
通讯作者：
Bonnet P