Complete Chloroplast Genome Sequence and Phylogenetic Analysis of Paeonia ostii.
Complete Chloroplast Genome Sequence and Phylogenetic Analysis of Paeonia ostii.
复制标题
牡丹叶绿体全基因组序列及系统发育分析
DOI：
10.3390/molecules23020246
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发表时间：
2018-01-26
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Hou X
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Guo S;Guo L;Zhao W;Xu J;Li Y;Zhang X;Shen X;Wu M;Hou X
滇牡丹是一种常见的油用牡丹，具有重要的药用价值。然而，目前对长喙藓叶绿体基因组的研究还很少。对口氏原球茎叶绿体基因组进行了全序列测定和分析。口氏毕赤酵母叶绿体基因组的大小为152，153 bp，包括一个大的单拷贝区（85，373 bp），一个小的单拷贝区（17，054 bp）和一对反向重复区（24，863 bp）。大孔侧耳叶绿体基因组编码111个基因，包括77个蛋白质编码基因、4个核糖体RNA基因和30个转运RNA基因。基因组包含正向重复序列（22）、回文重复序列（28）和串联重复序列（24）。基因组中丰富的简单重复序列位点的存在为今后的群体遗传学工作提供了新品种选育的机会。系统发育分析表明，口氏拟海鲶与德氏拟海鲶和路氏拟海鲶的亲缘关系较近，而与倒卵拟海鲶和韦氏拟海鲶的亲缘关系较近。本研究的结果提供了一个完整的叶绿体基因组的组装，这可能是有用的，为未来的育种和进一步的生物学发现。这将为牡丹产量的提高和系统地位的确定提供理论依据。
Paeonia ostii, a common oil-tree peony, is important ornamentally and medicinally. However, there are few studies on the chloroplast genome of Paeonia ostii. We sequenced and analyzed the complete chloroplast genome of P. ostii. The size of the P. ostii chloroplast genome is 152,153 bp, including a large single-copy region (85,373 bp), a small single-copy region (17,054 bp), and a pair of inverted repeats regions (24,863 bp). The P. ostii chloroplast genome encodes 111 genes, including 77 protein-coding genes, four ribosomal RNA genes, and 30 transfer RNA genes. The genome contains forward repeats (22), palindromic repeats (28), and tandem repeats (24). The presence of rich simple-sequence repeat loci in the genome provides opportunities for future population genetics work for breeding new varieties. A phylogenetic analysis showed that P. ostii is more closely related to Paeonia delavayi and Paeonia ludlowii than to Paeonia obovata and Paeonia veitchii. The results of this study provide an assembly of the whole chloroplast genome of P. ostii, which may be useful for future breeding and further biological discoveries. It will provide a theoretical basis for the improvement of peony yield and the determination of phylogenetic status.
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影响因子：
3.4
作者：
Carlson, Sarah J.;Fallon, Erica M.;Puder, Mark
通讯作者：
Puder, Mark
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作者：
Gogniashvili, M.;Naskidashvili, P.;Beridze, T.
通讯作者：
Beridze, T.
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3.3
作者：
Bellot S;Cusimano N;Luo S;Sun G;Zarre S;Gröger A;Temsch E;Renner SS
通讯作者：
Renner SS
DOI：
10.1073/pnas.1511570112
发表时间：
2015-08-11
影响因子：
11.1
作者：
Brunkard, Jacob O.;Runkel, Anne M.;Zambryski, Patricia C.
通讯作者：
Zambryski, Patricia C.
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作者：
CALLIS, J;FROMM, M;WALBOT, V
通讯作者：
WALBOT, V