DNA triplex formation with 5-dimethylaminopropargyl deoxyuridine.
DNA triplex formation with 5-dimethylaminopropargyl deoxyuridine.
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DOI：
10.1093/nar/gkn1060
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发表时间：
2009-03
影响因子：
14.9
通讯作者：
Brown T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rusling DA;Peng G;Srinivasan N;Fox KR;Brown T
我们已经准备了三链体形成的寡核苷酸含有核苷酸类似物5-二甲基氨基炔丙基脱氧尿苷（DMAPdU）代替胸苷，并检查其能力，形成分子间的三股螺旋的热熔融和DNA酶I足迹的研究。并与含5-氨基炔丙基-dU（APdU）、5-胍基炔丙基-dU（GPDU）和5-丙炔基-dU（PdU）的寡核苷酸的结果进行了比较。我们发现DMAPdU相对于T增强了三链体稳定性，尽管比携带正电荷的其他类似物（T << PdU < DMAPdU < APdU < GPDU）略低。对于含有用DMAPdU的多个取代的寡核苷酸，分散的残基比成簇的组合更有效。DMAPdU作为核苷酸类似物将是特别有用的，因为与APDU和GPDU不同，碱基在寡核苷酸合成期间不需要保护，因此它可以与需要温和脱保护条件的其他衍生物一起使用。
We have prepared triplex-forming oligonucleotides containing the nucleotide analogue 5-dimethylaminopropargyl deoxyuridine (DMAPdU) in place of thymidine and examined their ability to form intermolecular triple helices by thermal melting and DNase I footprinting studies. The results were compared with those for oligonucleotides containing 5-aminopropargyl-dU (APdU), 5-guanidinopropargyl-dU (GPdU) and 5-propynyl dU (PdU). We find that DMAPdU enhances triplex stability relative to T, though slightly less than the other analogues that bear positive charges (T << PdU < DMAPdU < APdU < GPdU). For oligonucleotides that contain multiple substitutions with DMAPdU dispersed residues are more effective than clustered combinations. DMAPdU will be especially useful as a nucleotide analogue as, unlike APdU and GPdU, the base does not require protection during oligonucleotide synthesis and it can therefore be used with other derivatives that require mild deprotection conditions.
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