Generation of accurate, expandable phylogenomic trees with uDance.
Generation of accurate, expandable phylogenomic trees with uDance.
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使用 uDance 生成准确、可扩展的系统发育树。
DOI：
10.1038/s41587-023-01868-8
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发表时间：
2023
影响因子：
46.9
通讯作者：
Mirarab,Siavash
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Balaban,Metin;Jiang,Yueyu;Zhu,Qiyun;McDonald,Daniel;Knight,Rob;Mirarab,Siavash
系统发育树为组织整个生命树的进化史提供了一个框架，并有助于下游的比较分析，如元基因组鉴定。依赖于单标记基因(如16S rRNA)的方法已经对数十万个生物体产生了精度有限的树，而使用全基因组数据的方法不能扩展到大量基因组。我们介绍了使用分治(UDance)更新树的方法，该方法使用分治策略来实现可更新的全基因组推理，该策略独立地精炼树的不同部分，并且可以在现有树的基础上构建，具有高精度和可扩展性。通过uDance，我们使用387个标记基因，总计425亿个氨基酸残基，推断出一个约有20万个基因组的物种树。
Phylogenetic trees provide a framework for organizing evolutionary histories across the tree of life and aid downstream comparative analyses such as metagenomic identification. Methods that rely on single-marker genes such as 16S rRNA have produced trees of limited accuracy with hundreds of thousands of organisms, whereas methods that use genome-wide data are not scalable to large numbers of genomes. We introduce updating trees using divide-and-conquer (uDance), a method that enables updatable genome-wide inference using a divide-and-conquer strategy that refines different parts of the tree independently and can build off of existing trees, with high accuracy and scalability. With uDance, we infer a species tree of roughly 200,000 genomes using 387 marker genes, totaling 42.5 billion amino acid residues.
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影响因子：
3.7
作者：
A. Lascelles;C. S. Lee;B. Larson
通讯作者：
B. Larson
DOI：
--
发表时间：
1976
期刊：
Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
影响因子：
--
作者：
A. Martinez‐Hernandez;Fink Lm;Pierce Gb
通讯作者：
Pierce Gb
乳腺功能中的生长因子。
DOI：
10.1530/jrf.0.0850759
发表时间：
1989
期刊：
Journal of reproduction and fertility
影响因子：
--
作者：
I. Forsyth
通讯作者：
I. Forsyth
影响因子：
5.5
作者：
Sharma K;Bisht K;Eyo UB
通讯作者：
Eyo UB
影响因子：
56.9
作者：
DANIEL, CW;DEOME, KB
通讯作者：
DEOME, KB