Compositional characteristics of human peripheral TRBV pseudogene rearrangements.
Compositional characteristics of human peripheral TRBV pseudogene rearrangements.
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人外周TRBV假基因重排的组成特征
DOI：
10.1038/s41598-018-24367-2
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发表时间：
2018-04-12
影响因子：
4.6
通讯作者：
Yao X
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shi B;Ma L;He X;Wu P;Wang P;Wang X;Ma R;Yao X
T细胞受体（TCR）互补决定区3（CDR 3）库的多样性是生殖系V、D和J基因片段重组期间随机组合、插入和缺失的结果。在进化过程中，保留了一些人TCR β链可变区（TRBV）假基因。以往的研究主要集中在TRBV的功能基因上，而对TRBV假基因的研究较少。为了描述TRBV假基因重排的组成特征，我们通过高通量测序对4名健康志愿者和4名患者外周血中的TRBV假基因、TRBV开放阅读框架（ORF）和功能性TRBV基因进行了比较和分析。我们的研究结果揭示了J和D基因使用的几个差异。假基因的V缺失分布与ORF和功能基因的V缺失分布有显著差异。此外，精氨酸、赖氨酸和半胱氨酸更频繁地用于推定的CDR3假基因重排，而功能性重排使用更多的亮氨酸。本研究全面描述了TRBV外周假基因重排的组成特征，为进一步研究TRBV假基因提供参考。
The diversity of the T cell receptor (TCR) complementarity determining region 3 (CDR3) repertoire is the result of random combinations, insertions and deletions during recombination of the germline V, D and J gene fragments. During evolution, some human TCR beta chain variable (TRBV) pseudogenes have been retained. Many previous studies have focused on functional TRBV genes, while little attention has been given to TRBV pseudogenes. To describe the compositional characteristics of TRBV pseudogene rearrangements, we compared and analysed TRBV pseudogenes, TRBV open reading frames (ORFs) and functional TRBV genes via high-throughput sequencing of DNA obtained from the peripheral blood of 4 healthy volunteers and 4 patients. Our results revealed several differences in J and D gene usage. The V deletion distribution profile of the pseudogenes was significantly different from that of the ORFs and functional genes. In addition, arginine, lysine and cysteine were more frequently used in putative CDR3 pseudogene rearrangements, while functional rearrangements used more leucine. This study presents a comprehensive description of the compositional characteristics of peripheral TRBV pseudogene rearrangements, which will provide a reference for further research on TRBV pseudogenes.
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影响因子：
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作者：
Lefranc, Marie-Paule
通讯作者：
Lefranc, Marie-Paule
影响因子：
--
作者：
Lefranc, Marie-Paule
通讯作者：
Lefranc, Marie-Paule
影响因子：
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作者：
Lefranc, MP;Pommié, C;Lefranc, G
通讯作者：
Lefranc, G
影响因子：
2.9
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Lefranc, MP;Pommié, C;Lefranc, G
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Lefranc, G
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Freeman, J. Douglas;Warren, Rene L.;Holt, Robert A.
通讯作者：
Holt, Robert A.