Direct sequencing of Arabidopsis thaliana RNA reveals patterns of cleavage and polyadenylation.
Direct sequencing of Arabidopsis thaliana RNA reveals patterns of cleavage and polyadenylation.
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DOI：
10.1038/nsmb.2345
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发表时间：
2012-08
影响因子：
16.8
通讯作者：
Simpson, Gordon G.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sherstnev, Alexander;Duc, Celine;Cole, Christian;Zacharaki, Vasiliki;Hornyik, Csaba;Ozsolak, Fatih;Milos, Patrice M.;Barton, Geoffrey J.;Simpson, Gordon G.
最近的研究表明，RNA 3′末端的形成在控制基因表达中起着比以前认为的更广泛的作用。为了研究调控的3′末端形成的影响，我们对A. thaliana.在这里，我们以前所未有的细节展示了真实的转录组，以及3′端的形成如何影响基因组的组织。我们揭示了RNA 3′端的极端异质性，发现了以前未被识别的非编码RNA，并提出了广泛的基因组重新注释。我们解释了大多数poly（A）+反义RNA的起源，并确定了控制3′端形成的顺式元件。这些发现对于理解基因组实际编码的内容，它是如何组织的以及受调控的3′端形成对这些过程的影响至关重要。
It has recently been shown that RNA 3′ end formation plays a more widespread role in controlling gene expression than previously thought. In order to examine the impact of regulated 3′ end formation genome-wide we applied direct RNA sequencing to A. thaliana. Here we show the authentic transcriptome in unprecedented detail and how 3′ end formation impacts genome organization. We reveal extreme heterogeneity in RNA 3′ ends, discover previously unrecognized non-coding RNAs and propose widespread re-annotation of the genome. We explain the origin of most poly(A)+ antisense RNAs and identify cis-elements that control 3′ end formation in different registers. These findings are essential to understand what the genome actually encodes, how it is organized and the impact of regulated 3′ end formation on these processes.
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影响因子：
11.8
作者：
Hornyik, Csaba;Terzi, Lionel C.;Simpson, Gordon G.
通讯作者：
Simpson, Gordon G.
影响因子：
46.9
作者：
Meyers, BC;Vu, TH;Haudenschild, CD
通讯作者：
Haudenschild, CD
影响因子：
7.4
作者：
Henz, Stefan R.;Cumbie, Jason S.;Schmid, Markus
通讯作者：
Schmid, Markus
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作者：
Chekanova, Julia A.;Gregory, Brian D.;Belostotsky, Dmitry A.
通讯作者：
Belostotsky, Dmitry A.
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16
作者：
Mapendano, Christophe K.;Lykke-Andersen, Soren;Jensen, Torben Heick
通讯作者：
Jensen, Torben Heick