miR-122, small RNA annealing and sequence mutations alter the predicted structure of the Hepatitis C virus 5' UTR RNA to stabilize and promote viral RNA accumulation.
miR-122, small RNA annealing and sequence mutations alter the predicted structure of the Hepatitis C virus 5' UTR RNA to stabilize and promote viral RNA accumulation.
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DOI：
10.1093/nar/gky662
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发表时间：
2018-10-12
影响因子：
14.9
通讯作者：
Wilson JA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Amador-Cañizares Y;Panigrahi M;Huys A;Kunden RD;Adams HM;Schinold MJ;Wilson JA
肝脏特异性 microRNA miR-122 与丙型肝炎病毒 (HCV) 5' UTR 的退火是有效病毒复制所必需的。通过使用 siRNA 来压力逃逸突变，鉴定出 30 个在保守的 5' 非翻译区 (UTR) 中具有核苷酸变化的具有复制能力的 HCV 基因组。计算机分析预测，miR-122 退火会诱导典型的 HCV 基因组 5'UTR RNA 折叠，而促进不依赖 miR-122 的 HCV 复制的突变 5'UTR 序列有利于典型 RNA 结构的形成，即使在没有 miR-122 的情况下也是如此。此外，一些突变病毒适应使用 siRNA 作为 miR-122 模拟物。我们进一步证明，与 5'UTR 完美互补退火的小 RNA 可以稳定并促进 HCV 基因组积累。因此，HCV 基因组稳定和生命周期促进不需要 miR-122 所证明的特定退火模式，也不需要 5' 末端退火或 3' 突出核苷酸。在 Ago2 敲除细胞中观察到完美匹配 siRNA 的复制促进作用，表明其他 Ago 亚型可以支持 HCV 复制。最后，我们提出了一个 miR-122 促进 HCV 生命周期的模型，其中 miRNA 与 5' UTR 退火，与任何 Ago 同种型结合，修饰 5' UTR 结构以稳定病毒基因组并促进 HCV RNA 积累。
Annealing of the liver-specific microRNA, miR-122, to the Hepatitis C virus (HCV) 5′ UTR is required for efficient virus replication. By using siRNAs to pressure escape mutations, 30 replication-competent HCV genomes having nucleotide changes in the conserved 5′ untranslated region (UTR) were identified. In silico analysis predicted that miR-122 annealing induces canonical HCV genomic 5′ UTR RNA folding, and mutant 5′ UTR sequences that promoted miR-122-independent HCV replication favored the formation of the canonical RNA structure, even in the absence of miR-122. Additionally, some mutant viruses adapted to use the siRNA as a miR-122-mimic. We further demonstrate that small RNAs that anneal with perfect complementarity to the 5′ UTR stabilize and promote HCV genome accumulation. Thus, HCV genome stabilization and life-cycle promotion does not require the specific annealing pattern demonstrated for miR-122 nor 5′ end annealing or 3′ overhanging nucleotides. Replication promotion by perfect-match siRNAs was observed in Ago2 knockout cells revealing that other Ago isoforms can support HCV replication. At last, we present a model for miR-122 promotion of the HCV life cycle in which miRNA annealing to the 5′ UTR, in conjunction with any Ago isoform, modifies the 5′ UTR structure to stabilize the viral genome and promote HCV RNA accumulation.
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对所有单核苷酸不匹配的靶位点，对活性siRNA的沉默效应进行系统分析。
影响因子：
14.9
作者：
Du, Q;Thonberg, H;Wang, J;Wahlestedt, C;Liang, ZC
通讯作者：
Liang, ZC
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp250
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Darty K;Denise A;Ponty Y
通讯作者：
Ponty Y
影响因子：
56.9
作者：
Jopling, CL;Yi, MK;Sarnow, P
通讯作者：
Sarnow, P
DOI：
10.1073/pnas.1012464108
发表时间：
2011-02-22
影响因子：
11.1
作者：
Machlin, Erica S.;Sarnow, Peter;Sagan, Selena M.
通讯作者：
Sagan, Selena M.
影响因子：
14.9
作者：
Mortimer SA;Doudna JA
通讯作者：
Doudna JA