Three-dimensional structural view of the central metabolic network of Thermotoga maritima.
Three-dimensional structural view of the central metabolic network of Thermotoga maritima.
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DOI：
10.1126/science.1174671
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发表时间：
2009-09-18
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Godzik A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang Y;Thiele I;Weekes D;Li Z;Jaroszewski L;Ginalski K;Deacon AM;Wooley J;Lesley SA;Wilson IA;Palsson B;Osterman A;Godzik A
传统上，代谢途径被描述为生化反应和代谢产物。利用结构基因组学和系统生物学，我们生成了一个三维重建的中央代谢网络的细菌，Thermotoga maritima（TM）。该网络包含478个蛋白质，其中120个通过实验确定，358个被建模。结构分析显示，形成网络的蛋白质由少数（仅182个）基本形状（折叠）主导，执行不同但大多数相关功能。这些折叠中的大多数已经存在于网络的基本核心（约30%）中，并且其通过非必需蛋白质的扩展是通过相对较少的额外折叠实现的。因此，将结构数据与网络分析相结合，可以深入了解生物网络的功能、机制和进化。
Metabolic pathways have traditionally been described in terms of biochemical reactions and metabolites. Using structural genomics and systems biology, we generated a three-dimensional reconstruction of the central metabolic network of the bacterium, Thermotoga maritima (TM). The network encompassed 478 proteins of which 120 were determined by experiment and 358 were modeled. Structural analysis revealed that proteins forming the network are dominated by a small number (only 182) of basic shapes (folds) performing diverse, but mostly related functions. Most of these folds are already present in the essential core (~30%) of the network, and its expansion by nonessential proteins is achieved with relatively few additional folds. Thus, integration of structural data with networks analysis generates insight into the function, mechanism and evolution of biological networks.
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影响因子：
--
作者：
Durot M;Le Fèvre F;de Berardinis V;Kreimeyer A;Vallenet D;Combe C;Smidtas S;Salanoubat M;Weissenbach J;Schachter V
通讯作者：
Schachter V
DOI：
10.1073/pnas.142413399
发表时间：
2002-09-03
影响因子：
11.1
作者：
Lesley, SA;Kuhn, P;Stevens, RC
通讯作者：
Stevens, RC
影响因子：
9.9
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
64.8
作者：
Pál, C;Papp, B;Hurst, LD
通讯作者：
Hurst, LD
影响因子：
64.8
作者：
Nelson, KE;Clayton, RA;Fraser, CM
通讯作者：
Fraser, CM