Neoantimon: a multifunctional R package for identification of tumor-specific neoantigens.
Neoantimon: a multifunctional R package for identification of tumor-specific neoantigens.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btaa616
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发表时间：
2020-09-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Imoto S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hasegawa T;Hayashi S;Shimizu E;Mizuno S;Niida A;Yamaguchi R;Miyano S;Nakagawa H;Imoto S
已知一些突变肽，例如由错义突变和移码插入产生的那些，可以结合主要组织相容性复合物并呈递给肿瘤细胞表面上的抗肿瘤T细胞。这些肽被称为新抗原，了解这一过程对癌症免疫治疗很重要。在这里，我们介绍了一个称为Neoantimon的R软件包，它可以从各种突变中预测一系列潜在的新抗原，这些突变不仅包括体细胞点突变，还包括插入，缺失和结构变体。除了现有的应用之外，Neoantimon能够附加和反映几种额外的信息，例如野生型结合能力、等位基因特异性RNA表达水平、单核苷酸多态性信息和突变的组合，以过滤出不可行的肽作为新抗原。R包可在http：//github/hase62/Neoantimon上获得。
It is known that some mutant peptides, such as those resulting from missense mutations and frameshift insertions, can bind to the major histocompatibility complex and be presented to antitumor T cells on the surface of a tumor cell. These peptides are termed neoantigen, and it is important to understand this process for cancer immunotherapy. Here, we introduce an R package termed Neoantimon that can predict a list of potential neoantigens from a variety of mutations, which include not only somatic point mutations but insertions, deletions and structural variants. Beyond the existing applications, Neoantimon is capable of attaching and reflecting several additional information, e.g. wild-type binding capability, allele specific RNA expression levels, single nucleotide polymorphism information and combinations of mutations to filter out infeasible peptides as neoantigen. The R package is available at http://github/hase62/Neoantimon.
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DOI：
10.4049/jimmunol.1700893
发表时间：
2017-11-01
期刊：
Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
影响因子：
--
作者：
Jurtz V;Paul S;Andreatta M;Marcatili P;Peters B;Nielsen M
通讯作者：
Nielsen M
影响因子：
12.3
作者：
McLaren W;Gil L;Hunt SE;Riat HS;Ritchie GR;Thormann A;Flicek P;Cunningham F
通讯作者：
Cunningham F
影响因子：
64.8
作者：
Matsushita, Hirokazu;Vesely, Matthew D.;Koboldt, Daniel C.;Rickert, Charles G.;Uppaluri, Ravindra;Magrini, Vincent J.;Arthur, Cora D.;White, J. Michael;Chen, Yee-Shiuan;Shea, Lauren K.;Hundal, Jasreet;Wendl, Michael C.;Demeter, Ryan;Wylie, Todd;Allison, James P.;Smyth, Mark J.;Old, Lloyd J.;Mardis, Elaine R.;Schreiber, Robert D.
通讯作者：
Schreiber, Robert D.
癌症免疫疗法。树突状细胞疫苗增加了黑色素瘤新抗原特异性T细胞的广度和多样性。
DOI：
10.1126/science.aaa3828
发表时间：
2015-05-15
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Carreno BM;Magrini V;Becker-Hapak M;Kaabinejadian S;Hundal J;Petti AA;Ly A;Lie WR;Hildebrand WH;Mardis ER;Linette GP
通讯作者：
Linette GP
影响因子：
14.9
作者：
Wang K;Li M;Hakonarson H
通讯作者：
Hakonarson H