Computational phosphoproteomics: from identification to localization.
Computational phosphoproteomics: from identification to localization.
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DOI：
10.1002/pmic.201400372
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发表时间：
2015-03
期刊：
影响因子：
3.4
通讯作者：
Hubbard, Simon J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lee, Dave C. H.;Jones, Andrew R.;Hubbard, Simon J.
由于激酶和磷酸酶作用是许多主要生物功能的基础，因此通过 MS 分析磷酸蛋白质组已成为表征细胞动态调节过程的关键技术。然而，向合适的侧链添加磷酸基团通常会产生相对于未修饰的肽更难以解释（并因此识别）的产物离子谱，从而混淆信息分析。总的来说，这些挑战促使生物信息学家创建新颖的软件工具和管道，以协助识别蛋白质组混合物中的磷酸肽，并在存在模糊性的情况下帮助查明或“定位”最可能的修饰位点。在这里，我们回顾了磷酸化蛋白质组分析要面临的挑战以及可用于解决这些挑战的信息学解决方案，并强调了与使用它们相关的困难以及对数据标准的影响。
Analysis of the phosphoproteome by MS has become a key technology for the characterization of dynamic regulatory processes in the cell, since kinase and phosphatase action underlie many major biological functions. However, the addition of a phosphate group to a suitable side chain often confounds informatic analysis by generating product ion spectra that are more difficult to interpret (and consequently identify) relative to unmodified peptides. Collectively, these challenges have motivated bioinformaticians to create novel software tools and pipelines to assist in the identification of phosphopeptides in proteomic mixtures, and help pinpoint or “localize” the most likely site of modification in cases where there is ambiguity. Here we review the challenges to be met and the informatics solutions available to address them for phosphoproteomic analysis, as well as highlighting the difficulties associated with using them and the implications for data standards.
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影响因子：
3.4
作者：
Deutsch, Eric W.;Mendoza, Luis;Shteynberg, David;Farrah, Terry;Lam, Henry;Tasman, Natalie;Sun, Zhi;Nilsson, Erik;Pratt, Brian;Prazen, Bryan;Eng, Jimmy K.;Martin, Daniel B.;Nesvizhskii, Alexey I.;Aebersold, Ruedi
通讯作者：
Aebersold, Ruedi
影响因子：
14.9
作者：
Durek P;Schmidt R;Heazlewood JL;Jones A;MacLean D;Nagel A;Kersten B;Schulze WX
通讯作者：
Schulze WX
影响因子：
4.4
作者：
Cox, Juergen;Neuhauser, Nadin;Mann, Matthias
通讯作者：
Mann, Matthias
影响因子：
4.4
作者：
Bailey, Christopher M.;Sweet, Steve M. M.;Cooper, Helen J.
通讯作者：
Cooper, Helen J.
影响因子：
5.8
作者：
Craig, R;Beavis, RC
通讯作者：
Beavis, RC