Genome-wide analysis of nucleotide-level variation in commonly used Saccharomyces cerevisiae strains.
Genome-wide analysis of nucleotide-level variation in commonly used Saccharomyces cerevisiae strains.
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全基因组对酿酒酵母菌株的核苷酸水平变异的分析。
DOI：
10.1371/journal.pone.0000322
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发表时间：
2007-03-28
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Kruglyak L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Schacherer J;Ruderfer DM;Gresham D;Dolinski K;Botstein D;Kruglyak L
自从酵母菌（更准确地说，是S288 c菌株）的基因组被完全测序以来，已经过去了十年。然而，在酵母中的实验工作通常使用与S288 c具有未知遗传关系的菌株进行。在这里，我们使用25聚体寡核苷酸微阵列表征了S288 c和七种常用实验室菌株（A364 A、W303、FL 100、CEN、PK、Σ 1278 b、SK 1和BY 4716）之间的核苷酸水平相似性，所述25聚体寡核苷酸微阵列提供了1012 Mb酿酒酵母基因组的完全和冗余覆盖。使用这些数据，我们评估了与测序的参考基因组相比核苷酸变异的频率和分布。这些数据使我们能够推断实验上重要的酵母菌株之间的关系，并为对序列变异敏感的实验设计提供见解。我们提出了一种合理的方法，使用这些数据和定向重新测序，对与参考相关的菌株进行接近完全的测序。这些数据和新的可视化工具可以在一个新的资源中在线访问：酵母SNPs浏览器（YSB; http：//gbrowse.princeton.edu/cgi-bin/gbrowse/yeast_strains_snps），所有研究人员都可以使用。
Ten years have passed since the genome of Saccharomyces cerevisiae–more precisely, the S288c strain–was completely sequenced. However, experimental work in yeast is commonly performed using strains that are of unknown genetic relationship to S288c. Here, we characterized the nucleotide-level similarity between S288c and seven commonly used lab strains (A364A, W303, FL100, CEN.PK, ∑1278b, SK1 and BY4716) using 25mer oligonucleotide microarrays that provide complete and redundant coverage of the ∼12 Mb Saccharomyces cerevisiae genome. Using these data, we assessed the frequency and distribution of nucleotide variation in comparison to the sequenced reference genome. These data allow us to infer the relationships between experimentally important strains of yeast and provide insight for experimental designs that are sensitive to sequence variation. We propose a rational approach for near complete sequencing of strains related to the reference using these data and directed re-sequencing. These data and new visualization tools are accessible online in a new resource: the Yeast SNPs Browser (YSB; http://gbrowse.princeton.edu/cgi-bin/gbrowse/yeast_strains_snps) that is available to all researchers.
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