Spatially resolved 3D metabolomic profiling in tissues.
Spatially resolved 3D metabolomic profiling in tissues.
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DOI：
10.1126/sciadv.abd0957
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发表时间：
2021-01
期刊：
影响因子：
13.6
通讯作者：
Coskun AF
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ganesh S;Hu T;Woods E;Allam M;Cai S;Henderson W;Coskun AF
空间分辨的代谢分析和同位素标记的蛋白质分析揭示了独特的脂质分布在组织中。空间分辨RNA和蛋白质分子分析揭示了细胞的意外异质性。单个细胞的代谢分析补充了这些单细胞研究。在这里，我们提出了一个三维空间分辨代谢组学分析框架（3D-SMF），以绘制出人体扁桃体免疫细胞中代谢片段和蛋白质特征的空间组织。在该方法中，通过飞行时间二次离子质谱法获得3D代谢谱，以分析多达189种化合物。离子束被用来测量扁桃体150个切片上的亚5纳米组织层。为了结合细胞特异性，扁桃体组织通过同位素标记的抗体文库进行标记。为了探索代谢和细胞特征的关系，我们进行了数据简化，3D空间相关性和分类，无监督K均值聚类和网络分析。免疫细胞在淋巴组织中表现出空间上不同的脂质组学片段分布。3D-SMF管道影响研究健康和疾病中的免疫细胞。
Spatially resolved metabolic profiling and isotope-tagged protein analysis revealed unique lipid distributions in tissues. Spatially resolved RNA and protein molecular analyses have revealed unexpected heterogeneity of cells. Metabolic analysis of individual cells complements these single-cell studies. Here, we present a three-dimensional spatially resolved metabolomic profiling framework (3D-SMF) to map out the spatial organization of metabolic fragments and protein signatures in immune cells of human tonsils. In this method, 3D metabolic profiles were acquired by time-of-flight secondary ion mass spectrometry to profile up to 189 compounds. Ion beams were used to measure sub–5-nanometer layers of tissue across 150 sections of a tonsil. To incorporate cell specificity, tonsil tissues were labeled by an isotope-tagged antibody library. To explore relations of metabolic and cellular features, we carried out data reduction, 3D spatial correlations and classifications, unsupervised K-means clustering, and network analyses. Immune cells exhibited spatially distinct lipidomic fragment distributions in lymphatic tissue. The 3D-SMF pipeline affects studying the immune cells in health and disease.
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影响因子：
22.7
作者：
Ali, H. Raza;Jackson, Hartland W.;Bodenmiller, Bernd
通讯作者：
Bodenmiller, Bernd
DOI：
10.1126/science.1198704
发表时间：
2011-05-06
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Bendall SC;Simonds EF;Qiu P;Amir el-AD;Krutzik PO;Finck R;Bruggner RV;Melamed R;Trejo A;Ornatsky OI;Balderas RS;Plevritis SK;Sachs K;Pe'er D;Tanner SD;Nolan GP
通讯作者：
Nolan GP
影响因子：
48
作者：
Giesen, Charlotte;Wang, Hao A. O.;Bodenmiller, Bernd
通讯作者：
Bodenmiller, Bernd
DOI：
10.1016/j.jasms.2005.12.005
发表时间：
2006-04-01
影响因子：
3.2
作者：
Green, FM;Gilmore, IS;Seah, MP
通讯作者：
Seah, MP
影响因子：
2.1
作者：
Fletcher, John S.
通讯作者：
Fletcher, John S.