Transcript-indexed ATAC-seq for precision immune profiling.
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DOI：
10.1038/s41591-018-0008-8
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发表时间：
2018-05
期刊：
影响因子：
82.9
通讯作者：
Chang HY
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Satpathy AT;Saligrama N;Buenrostro JD;Wei Y;Wu B;Rubin AJ;Granja JM;Lareau CA;Li R;Qi Y;Parker KR;Mumbach MR;Serratelli WS;Gennert DG;Schep AN;Corces MR;Khodadoust MS;Kim YH;Khavari PA;Greenleaf WJ;Davis MM;Chang HY
T细胞在其T细胞受体（TCR）基因中产生大量的多样性，使单个克隆能够识别特定的肽-MHC配体。在这里，我们结合联合收割机TCR测序和检测转座酶可访问的染色质分析在单细胞水平上提供的TCR特异性和表观基因组状态的信息，个别T细胞。使用这种称为转录索引ATAC-seq（T-ATAC-seq）的方法，我们鉴定了永生化白血病T细胞、来自健康志愿者的原代人T细胞和来自患者样本的原代白血病T细胞中的表观基因组特征。在健康的外周血CD 4 + T细胞中，我们确定了天然和记忆T细胞状态的顺式和反式调节因子，并发现表面标志物定义的T细胞群存在实质性异质性。在皮肤T细胞淋巴瘤患者中，T-ATAC-seq能够识别来自同一个体的T细胞中的白血病和非白血病调节途径，将恶性克隆产生的信号与背景T细胞噪音分离。因此，T-ATAC-seq是一种新的工具，能够分析克隆T细胞中的表观基因组景观，并且对于T细胞恶性肿瘤，免疫和免疫治疗的研究应该是有价值的。
T cells create vast amounts of diversity in their T cell receptor (TCR) genes, enabling individual clones to recognize specific peptide-MHC ligands. Here we combine TCR sequencing and assay for transposase-accessible chromatin analysis at the single-cell level to provide information on the TCR specificity and epigenomic state of individual T cells. Using this approach, termed Transcript-indexed ATAC-seq (T-ATAC-seq), we identify epigenomic signatures in immortalized leukemic T cells, primary human T cells from healthy volunteers, and primary leukemic T cells from patient samples. In healthy peripheral blood CD4+ T cells, we identify cis and trans regulators of naive and memory T cell states and find substantial heterogeneity in surface marker-defined T cell populations. In patients with cutaneous T cell lymphoma, T-ATAC-seq enabled identification of leukemic and non-leukemic regulatory pathways in T cells from the same individual, separating signals arising from the malignant clone from background T cell noise. Thus, T-ATAC-seq is a new tool that enables analysis of epigenomic landscapes in clonal T cells and should be valuable for studies of T cell malignancy, immunity, and immunotherapy.
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影响因子：
64.5
作者：
Ivanov, Ivaylo I.;McKenzie, Brent S.;Littman, Dan R.
通讯作者：
Littman, Dan R.
影响因子：
46.9
作者：
Han, Arnold;Glanville, Jacob;Hansmann, Leo;Davis, Mark M.
通讯作者：
Davis, Mark M.
影响因子：
15.3
作者：
Kimmig, Sonja;Przybylski, Grzegorz K;Schmidt, Christian A;Laurisch, Katja;Mowes, Beate;Radbruch, Andreas;Thiel, Andreas
通讯作者：
Thiel, Andreas
影响因子：
64.5
作者：
Birnbaum ME;Mendoza JL;Sethi DK;Dong S;Glanville J;Dobbins J;Ozkan E;Davis MM;Wucherpfennig KW;Garcia KC
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Garcia KC
影响因子：
82.9
作者：
Gattinoni L;Lugli E;Ji Y;Pos Z;Paulos CM;Quigley MF;Almeida JR;Gostick E;Yu Z;Carpenito C;Wang E;Douek DC;Price DA;June CH;Marincola FM;Roederer M;Restifo NP
通讯作者：
Restifo NP