Insights into the Evolution of Neoteny from the Genome of the Asian Icefish Protosalanx chinensis
Insights into the Evolution of Neoteny from the Genome of the Asian Icefish Protosalanx chinensis
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从亚洲银鱼基因组洞察幼态持续演化
DOI：
10.1016/j.isci.2020.101267
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发表时间：
2020-06
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Li Ming
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang Jie;Qi Jiwei;Shi Fanglei;Pan Huijuan;Liu Meng;Tian Ran;Geng Yuepan;Li Huaying;Qu Yujie;Chen Jinping;Seim Inge;Li Ming
银鱼，被称为亚洲冰鱼，代表了硬骨鱼目Protacanthopterii中的一种特殊辐射，成鱼保留幼虫的特征，如透明和小型化的身体和软骨内骨骼到成年。本文报道了分布最广的银鱼科鱼类中国大银鱼（Protosalanxchinensis）的新基因组。中华大蠊基因组的组装比以前的组装更加连续和完整。我们估计中国对虾、鲑鱼、鳟鱼和狗鱼在1.85亿年前从一个共同的祖先分化出来。与其他鱼类基因组并列显示编码外胚层发育不良-A受体（EDAR），SCPP 1和fourHox蛋白的基因丢失，可能缺乏典型的成纤维细胞生长因子5（FGF 5）功能。我们还报道了中华对虾的基因组变异，可能反映了一个物种在性成熟个体中具有幼虫表型的免疫系统库。新的亚洲冰鱼参考基因组为未来的研究提供了坚实的基础。
Salangids, known as Asian icefishes, represent a peculiar radiation within the bony fish order Protacanthopterygii where adult fish retain larval characteristics such as transparent and miniaturized bodies and a cartilaginous endoskeleton into adulthood. Here, we report ade novogenome ofProtosalanx chinensis, the most widely distributed salangid lineage. TheP. chinensisgenome assembly is more contiguous and complete than a previous assembly. We estimate thatP. chinensis, salmons, trouts, and pikes diverged from a common ancestor 185 million years ago. A juxtaposition with other fish genomes revealed loss of the genes encoding ectodysplasin-A receptor (EDAR), SCPP1, and fourHoxproteins and likely lack of canonical fibroblast growth factor 5 (FGF5) function. We also report genomic variations ofP. chinensispossibly reflecting the immune system repertoire of a species with a larval phenotype in sexually mature individuals. The new Asian icefish reference genome provides a solid foundation for future studies.
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影响因子：
9.5
作者：
Katoh K;Rozewicki J;Yamada KD
通讯作者：
Yamada KD
DOI：
10.1016/b978-0-12-814124-3.00026-1
发表时间：
2019
期刊：
Encyclopedia of Caves
影响因子：
--
作者：
M. Niemiller;M. E. Bichuette;Prosanta Chakrabarty;D. Fenolio;Andrew G. Gluesenkamp;Daphne Soares;Yahui Zhao
通讯作者：
M. Niemiller;M. E. Bichuette;Prosanta Chakrabarty;D. Fenolio;Andrew G. Gluesenkamp;Daphne Soares;Yahui Zhao
地狱1.1：RNA同源性搜索速度更快100倍。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btt509
发表时间：
2013-11-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Nawrocki EP;Eddy SR
通讯作者：
Eddy SR
影响因子：
14.9
作者：
Lees JG;Lee D;Studer RA;Dawson NL;Sillitoe I;Das S;Yeats C;Dessailly BH;Rentzsch R;Orengo CA
通讯作者：
Orengo CA
影响因子：
7.7
作者：
Brunsdon H;Patton EE
通讯作者：
Patton EE