Gene3D: Multi-domain annotations for protein sequence and comparative genome analysis.
Gene3D: Multi-domain annotations for protein sequence and comparative genome analysis.
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DOI：
10.1093/nar/gkt1205
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发表时间：
2014-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Orengo CA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lees JG;Lee D;Studer RA;Dawson NL;Sillitoe I;Das S;Yeats C;Dessailly BH;Rentzsch R;Orengo CA
Gene3D（gene3d.biochem.ucl.ac.uk）是用于蛋白质序列的蛋白质结构域结构注释的数据库。使用来自2738个CATH超家族的配置文件HSP70库预测结构域。Gene3D为Ensembl和UniProt序列集分配结构域注释，包括>6000个细胞基因组和> 2000万个独特蛋白质序列。这表示自我们上次发表以来，蛋白质序列的数量增加了45%。由于底层数据和管道的改进，我们看到序列的域覆盖率大幅增加。我们通过集成Pfam和SUPERFAMILY域注释扩展了这一覆盖范围，现在我们解决了域重叠，以提供高度全面的复合多域架构。为了使这些数据更容易比较基因组分析，我们已经开发了新的搜索算法搜索基因组，以确定相关的多域架构。除了提供域家族注释外，我们现在还开发了一个用于Gene3D中域的3D同源性建模的管道。这已经应用于人类基因组，并将在明年推广到其他主要生物体。
Gene3D (http://gene3d.biochem.ucl.ac.uk) is a database of protein domain structure annotations for protein sequences. Domains are predicted using a library of profile HMMs from 2738 CATH superfamilies. Gene3D assigns domain annotations to Ensembl and UniProt sequence sets including >6000 cellular genomes and >20 million unique protein sequences. This represents an increase of 45% in the number of protein sequences since our last publication. Thanks to improvements in the underlying data and pipeline, we see large increases in the domain coverage of sequences. We have expanded this coverage by integrating Pfam and SUPERFAMILY domain annotations, and we now resolve domain overlaps to provide highly comprehensive composite multi-domain architectures. To make these data more accessible for comparative genome analyses, we have developed novel search algorithms for searching genomes to identify related multi-domain architectures. In addition to providing domain family annotations, we have now developed a pipeline for 3D homology modelling of domains in Gene3D. This has been applied to the human genome and will be rolled out to other major organisms over the next year.
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影响因子：
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作者：
Sillitoe I;Cuff AL;Dessailly BH;Dawson NL;Furnham N;Lee D;Lees JG;Lewis TE;Studer RA;Rentzsch R;Yeats C;Thornton JM;Orengo CA
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Orengo CA
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