Transcription-coupled changes in nuclear mobility of mammalian cis-regulatory elements.
Transcription-coupled changes in nuclear mobility of mammalian cis-regulatory elements.
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DOI：
10.1126/science.aao3136
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发表时间：
2018-03-02
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Wysocka J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gu B;Swigut T;Spencley A;Bauer MR;Chung M;Meyer T;Wysocka J
为了实现引导RNA（gRNA）多重化和将数十种不同的gRNA有效递送到单细胞中，我们开发了称为gRNA寡核苷酸嵌合阵列（CARGO）的分子组装策略。我们将CARGO与dCas 9（催化死亡Cas9）成像结合，以定量测量在活胚胎干细胞中经历分化相关活性变化的增强子和启动子的运动。而所有检查的功能元件表现出subdiffusive行为，它们的相对流动性增加，同时与转录激活。此外，RNA聚合酶II活性的急性扰动可以逆转这些与活性相关的位点迁移率增加。通过定量CARGO-dCas 9成像，我们提供了活细胞中顺式调节元件动态和不同细胞和活性状态的直接测量，并揭示了顺式调节元件迁移率和转录之间的内在联系。
To achieve guide RNA (gRNA) multiplexing and an efficient delivery of tens of distinct gRNAs into single cells, we developed a molecular assembly strategy termed chimeric array of gRNA oligonucleotides (CARGO). We coupled CARGO with dCas9 (catalytically dead Cas9) imaging to quantitatively measure the movement of enhancers and promoters that undergo differentiation-associated activity changes in live embryonic stem cells. Whereas all examined functional elements exhibited subdiffusive behavior, their relative mobility increased concurrently with transcriptional activation. Furthermore, acute perturbation of RNA polymerase II activity can reverse these activity-linked increases in loci mobility. Through quantitative CARGO-dCas9 imaging, we provide direct measurements of cis-regulatory element dynamics in living cells and distinct cellular and activity states and uncover an intrinsic connection between cis-regulatory element mobility and transcription.
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影响因子：
64.5
作者：
Long, Hannah K.;Prescott, Sara L.;Wysocka, Joanna
通讯作者：
Wysocka, Joanna
影响因子：
64.5
作者：
Dekker J;Mirny L
通讯作者：
Mirny L
影响因子：
16.6
作者：
Fu Y;Rocha PP;Luo VM;Raviram R;Deng Y;Mazzoni EO;Skok JA
通讯作者：
Skok JA
DOI：
10.1098/rstb.2013.0540
发表时间：
2014-12-05
期刊：
Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
影响因子：
--
作者：
Kalkan T;Smith A
通讯作者：
Smith A
影响因子：
3.6
作者：
Nielsen, Henrik J.;Li, Yongfang;Austin, Stuart
通讯作者：
Austin, Stuart