The TIGR Gene Indices: clustering and assembling EST and known genes and integration with eukaryotic genomes.
The TIGR Gene Indices: clustering and assembling EST and known genes and integration with eukaryotic genomes.
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DOI：
10.1093/nar/gki064
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发表时间：
2005-01-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Quackenbush J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lee Y;Tsai J;Sunkara S;Karamycheva S;Pertea G;Sultana R;Antonescu V;Chan A;Cheung F;Quackenbush J
虽然已完成的基因组测序项目的名单已经迅速扩大，表达序列标签（EST）的测序和分析仍然是在许多真核生物中发现新基因的主要工具和基因组注释的关键要素。TIGR基因索引（http：//www.tigr.org/tdb/tgi）是77个物种特异性数据库的集合，该数据库使用高度精炼的协议来分析基因和EST序列，试图识别和表征表达的转录本，并以用户友好的、一致的方式将其呈现在Web上。首先对每种生物进行聚类，然后将EST和GenBank中的注释cDNA和基因序列组装起来，构建基因索引数据库。这个过程产生了一组独特的，高保真的虚拟转录本，或临时共有（TC）序列。TC序列可用于提供具有功能注释的推定基因，将转录本与遗传和物理图谱连接，提供与直系同源和旁系同源基因的连接，以及作为比较和功能基因组分析的资源。
Although the list of completed genome sequencing projects has expanded rapidly, sequencing and analysis of expressed sequence tags (ESTs) remain a primary tool for discovery of novel genes in many eukaryotes and a key element in genome annotation. The TIGR Gene Indices (http://www.tigr.org/tdb/tgi) are a collection of 77 species-specific databases that use a highly refined protocol to analyze gene and EST sequences in an attempt to identify and characterize expressed transcripts and to present them on the Web in a user-friendly, consistent fashion. A Gene Index database is constructed for each selected organism by first clustering, then assembling EST and annotated cDNA and gene sequences from GenBank. This process produces a set of unique, high-fidelity virtual transcripts, or tentative consensus (TC) sequences. The TC sequences can be used to provide putative genes with functional annotation, to link the transcripts to genetic and physical maps, to provide links to orthologous and paralogous genes, and as a resource for comparative and functional genomic analysis.
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