Extraction of transcription regulatory signals from genome-wide DNA-protein interaction data.
Extraction of transcription regulatory signals from genome-wide DNA-protein interaction data.
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DOI：
10.1093/nar/gki166
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发表时间：
2005
影响因子：
14.9
通讯作者：
Pilpel Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Garten Y;Kaplan S;Pilpel Y
破译基因调控网络架构的监管机构，他们的行为，他们调节的基因，他们绑定的顺式作用基序，表达谱，他们决定和更复杂的关系之间的替代监管伙伴关系和替代监管基序，产生子模式的表达谱的识别。酵母中的“位置数据”是提供体内转录因子-DNA相互作用信息的综合资源。在这里，我们提供了两个贡献：第一，我们开发的方法来评估的位置数据中的噪声的程度，从而从它提取信号。第二，我们耦合信号提取更好的表征的遗传网络架构。我们应用两种方法检测转录因子（TF）之间的组合关联，其整合提供了一个全球性的组合调控相互作用的地图。我们发现调控基序和TF伙伴关系的能力，以决定微调的基因子集的表达模式，这是明显不同于那些分配给同一TF的大多数基因所显示的。我们的研究结果提供了仔细的优先级，高质量的分配之间的监管机构和监管基因，因此应该证明是有用的实验和计算生物学家一样。
Deciphering gene regulatory network architecture amounts to the identification of the regulators, conditions in which they act, genes they regulate, cis-acting motifs they bind, expression profiles they dictate and more complex relationships between alternative regulatory partnerships and alternative regulatory motifs that give rise to sub-modalities of expression profiles. The ‘location data’ in yeast is a comprehensive resource that provides transcription factor–DNA interaction information in vivo. Here, we provide two contributions: first, we developed means to assess the extent of noise in the location data, and consequently for extracting signals from it. Second, we couple signal extraction with better characterization of the genetic network architecture. We apply two methods for the detection of combinatorial associations between transcription factors (TFs), the integration of which provides a global map of combinatorial regulatory interactions. We discover the capacity of regulatory motifs and TF partnerships to dictate fine-tuned expression patterns of subsets of genes, which are clearly distinct from those displayed by most genes assigned to the same TF. Our findings provide carefully prioritized, high-quality assignments between regulators and regulated genes and as such should prove useful for experimental and computational biologists alike.
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影响因子：
16
作者：
Cho, RJ;Campbell, MJ;Davis, RW
通讯作者：
Davis, RW
影响因子：
5.8
作者：
Stormo, GD
通讯作者：
Stormo, GD
影响因子：
4.8
作者：
Springer, C;Kunzler, M;Braus, GH
通讯作者：
Braus, GH
影响因子：
7
作者：
Aach, J;Rindone, W;Church, GM
通讯作者：
Church, GM
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y