A Daily-Updated Database and Tools for Comprehensive SARS-CoV-2 Mutation-Annotated Trees.
A Daily-Updated Database and Tools for Comprehensive SARS-CoV-2 Mutation-Annotated Trees.
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DOI：
10.1093/molbev/msab264
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发表时间：
2021-12-09
影响因子：
10.7
通讯作者：
Turakhia Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
McBroome J;Thornlow B;Hinrichs AS;Kramer A;De Maio N;Goldman N;Haussler D;Corbett-Detig R;Turakhia Y
SARS-CoV-2测序数据的巨大规模使得使用现有工具和文件格式综合分析所有可用的数据变得越来越具有挑战性。为了解决这一问题，我们提出了一个SARS-CoV-2系统发育树的数据库，该数据库由不受限制的公共序列推断，我们每天更新该数据库以纳入新的序列。我们的数据库使用最近提出的突变注解树(MAT)格式来有效地编码树，该树具有标记有简约推断的突变的分支，以及在分支根部的下一个品系分支和Pango血统标签。截至2021年6月9日，我们的SARS-CoV-2 MAT由834,521个序列组成，并使用公共数据提供了病毒进化历史的全面视图。我们还提供了matUtils-一个用于快速查询、解释和操作垫子的命令行实用程序。我们每日更新的SARS-CoV-2 MAT数据库和matUtils软件分别位于http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/wuhCor1/UShER_SARS-CoV-2/和https://github.com/yatisht/usher，。
The vast scale of SARS-CoV-2 sequencing data has made it increasingly challenging to comprehensively analyze all available data using existing tools and file formats. To address this, we present a database of SARS-CoV-2 phylogenetic trees inferred with unrestricted public sequences, which we update daily to incorporate new sequences. Our database uses the recently proposed mutation-annotated tree (MAT) format to efficiently encode the tree with branches labeled with parsimony-inferred mutations, as well as Nextstrain clade and Pango lineage labels at clade roots. As of June 9, 2021, our SARS-CoV-2 MAT consists of 834,521 sequences and provides a comprehensive view of the virus’ evolutionary history using public data. We also present matUtils—a command-line utility for rapidly querying, interpreting, and manipulating the MATs. Our daily-updated SARS-CoV-2 MAT database and matUtils software are available at http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/wuhCor1/UShER_SARS-CoV-2/ and https://github.com/yatisht/usher, respectively.
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