Genetic diversity and population structure of Camellia huana (Theaceae), a limestone species with narrow geographic range, based on chloroplast DNA sequence and microsatellite markers.
Genetic diversity and population structure of Camellia huana (Theaceae), a limestone species with narrow geographic range, based on chloroplast DNA sequence and microsatellite markers.
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基于叶绿体 DNA 序列和微卫星标记的地理范围狭窄的石灰岩物种山茶花 (茶科) 的遗传多样性和种群结构
DOI：
10.1016/j.pld.2020.06.003
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发表时间：
2020-10
期刊：
影响因子：
4.8
通讯作者：
Tang SQ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li S;Liu SL;Pei SY;Ning MM;Tang SQ
花茶是一种濒临灭绝的树种，分布范围狭窄于中国广西北部和贵州南部的石灰岩山丘。我们使用 1 个叶绿体 DNA (cpDNA) 片段和 12 对微卫星（简单序列重复；SSR）标记来评估 12 个 C. huana 种群的遗传多样性和结构。 cpDNA 5200 bp内共检测出12个多态性位点99个等位基因、8个单倍型和9个多态性位点。 C. huana 群体表现出较低水平的遗传多样性（对于 cpDNA，n = 8，Hd = 0.759，Pi = 0.00042，对于 SSR，NA = 3.931，HE = 0.466），但群体之间的遗传分化较高（对于 SSR，FST = 0.2159，对于 cpDNA，FST = 0.9318）。这可以归因于 C. huana 的狭窄分布和石灰岩栖息地。结构分析将自然 C. huana 种群分为两组，与其地理分布一致。因此，我们建议将五个自然 C. huana 种群分成两个单元以便进行有效管理。
Camellia huana is an endangered species with a narrow distribution in limestone hills of northern Guangxi and southern Guizhou provinces, China. We used one chloroplast DNA (cpDNA) fragment and 12 pairs of microsatellite (simple sequence repeat; SSR) markers to assess the genetic diversity and structure of 12 C. huana populations. A total of 99 alleles were detected for 12 polymorphic loci, and eight haplotypes and nine polymorphic sites were detected within 5200 bp of cpDNA. C. huana populations showed a low level of genetic diversity (n = 8, Hd = 0.759, Pi = 0.00042 for cpDNA, NA = 3.931, HE = 0.466 for SSRs), but high genetic differentiation between populations (FST = 0.2159 for SSRs, FST = 0.9318 for cpDNA). This can be attributed to the narrow distribution and limestone habitat of C. huana. STRUCTURE analysis divided natural C. huana populations into two groups, consistent with their geographical distribution. Thus, we suggest that five natural C. huana populations should be split into two units to be managed effectively.
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