SonicParanoid: fast, accurate and easy orthology inference.
SonicParanoid: fast, accurate and easy orthology inference.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bty631
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发表时间：
2019-01-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Iwasaki W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cosentino S;Iwasaki W
正交学推断是许多基于基因组的研究的共同基础，是注释新的基因组、寻找生物技术应用的目标基因和揭示生命进化史的先决条件。尽管它的重要性随着测序基因组数量的不断增加而不断上升，但现有的工具在计算上要求很高，而且很难使用。在这里，我们介绍SonicParanid，它比成熟的工具更快，但相对准确，具有平衡的精确度和召回权衡。此外，SonicParanid大大减轻了那些需要构建和维护自己的基因组数据集的人进行正交学推理的困难。SonicParanid可以通过GNU GPLv3许可证在Python包Index和BitBucket上使用。有关文档，请访问http://iwasakilab.bs.s.u-tokyo.ac.jp/sonicparanoid.补充数据可在生物信息学在线上获得。
Orthology inference constitutes a common base of many genome-based studies, as a pre-requisite for annotating new genomes, finding target genes for biotechnological applications and revealing the evolutionary history of life. Although its importance keeps rising with the ever-growing number of sequenced genomes, existing tools are computationally demanding and difficult to employ. Here, we present SonicParanoid, which is faster than, but comparably accurate to, the well-established tools with a balanced precision-recall trade-off. Furthermore, SonicParanoid substantially relieves the difficulties of orthology inference for those who need to construct and maintain their own genomic datasets. SonicParanoid is available with a GNU GPLv3 license on the Python Package Index and BitBucket. Documentation is available at http://iwasakilab.bs.s.u-tokyo.ac.jp/sonicparanoid. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
14.9
作者：
Cochrane G;Karsch-Mizrachi I;Takagi T;International Nucleotide Sequence Database Collaboration
通讯作者：
International Nucleotide Sequence Database Collaboration
影响因子：
14.9
作者：
Sonnhammer EL;Östlund G
通讯作者：
Östlund G
DOI：
10.1007/978-1-61779-582-4_9
发表时间：
2012-01-01
期刊：
EVOLUTIONARY GENOMICS: STATISICAL AND COMPUTATIONAL METHODS, VOL 1
影响因子：
--
作者：
Altenhoff, Adrian M.;Dessimoz, Christophe
通讯作者：
Dessimoz, Christophe
影响因子：
3.7
作者：
Chen F;Mackey AJ;Vermunt JK;Roos DS
通讯作者：
Roos DS
影响因子：
3
作者：
Camacho C;Coulouris G;Avagyan V;Ma N;Papadopoulos J;Bealer K;Madden TL
通讯作者：
Madden TL