Sensitive protein alignments at tree-of-life scale using DIAMOND.
Sensitive protein alignments at tree-of-life scale using DIAMOND.
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DOI：
10.1038/s41592-021-01101-x
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发表时间：
2021-04
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Drost HG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Buchfink B;Reuter K;Drost HG
我们正处于基因组革命的开端，所有已知的物种都计划进行测序。在这个数据驱动的生物学新时代，收集这些数据进行比较分析至关重要。在这里，我们介绍了DIAMOND的改进版本，它大大超过了之前的搜索性能，并利用超级计算在数小时内执行生命树规模的蛋白质比对，同时与黄金标准BLASTP的灵敏度相匹配。DIAMOND的更新版本使用改进的算法程序和定制的高性能计算框架，使看似令人望而却步的大规模蛋白质序列比对变得可行。
We are at the beginning of a genomic revolution in which all known species are planned to be sequenced. Accessing such data for comparative analyses is crucial in this new age of data-driven biology. Here, we introduce an improved version of DIAMOND that greatly exceeds previous search performances and harnesses supercomputing to perform tree-of-life scale protein alignments in hours, while matching the sensitivity of the gold standard BLASTP. An updated version of DIAMOND uses improved algorithmic procedures and a customized high-performance computing framework to make seemingly prohibitive large-scale protein sequence alignments feasible.
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