Biobanking of human pancreas cancer tissue: impact of ex-vivo procurement times on RNA quality.
Biobanking of human pancreas cancer tissue: impact of ex-vivo procurement times on RNA quality.
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DOI：
10.1245/s10434-010-0959-6
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发表时间：
2010-08
影响因子：
3.7
通讯作者：
Allen PJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rudloff U;Bhanot U;Gerald W;Klimstra DS;Jarnagin WR;Brennan MF;Allen PJ
组织库建设已成为许多肿瘤中心的一项重大举措。热缺血离体时间、储存时间以及生物样本库操作流程对RNA完整性以及后续微阵列数据的影响尚未得到充分记录。
2001年，纪念斯隆 - 凯特琳癌症中心启动了一项经机构审查委员会批准的腹部肿瘤组织库前瞻性方案。对64例具有代表性的胰腺癌标本进行了处理，这些标本在不同的离体获取时间（≤10分钟、11 - 30分钟、31 - 60分钟、>1小时）速冻，并在三个时间段（2001 - 2004年、2004 - 2006年、2006 - 2008年）入库。通过使用RNA完整性数（RIN）算法的微毛细管电泳以及激光捕获显微切割（LCM）的结果来确定RNA完整性。
总体而言，在专门方案下储存的人类胰腺癌标本中有42%所提取的RNA的RIN≥7。有限的热缺血离体时间并未对RNA质量产生负面影响（总RNA的RIN≥7的组织百分比，在≤10分钟时为42%；11 - 30分钟时为58%；31 - 60分钟时为33%；>60分钟时为42%），并且胰腺癌生物样本的长期储存也未对RNA质量产生负面影响（RIN≥7的总RNA，2001 - 2004年入库的为44%；2004 - 2006年为38%；2006 - 2008年为50%）。从RIN≥7的胰腺癌样本中提取并经LCM处理的RNA可用于进一步的下游应用。
在标准化研究方案下储存的新鲜冷冻胰腺组织，约50%的标本可产生高质量RNA，并可用于LCM富集。生物样本库组织质量未因热缺血时间的有限变化或不同储存期而受到不利影响。这项研究表明了启动和维持高质量组织库所需面临的挑战和投入。
Tissue banking has become a major initiative at many oncology centers. The influence of warm ex-vivo ischemia times, storage times, and biobanking protocols on RNA integrity and subsequent microarray data is not well documented. A prospective institutional review board–approved protocol for the banking of abdominal neoplasms was initiated at Memorial Sloan-Kettering Cancer Center in 2001. Sixty-four representative pancreas cancer specimens snap-frozen at various ex-vivo procurement times (≤10 min, 11–30 min, 31–60 min, >1 h) and banked during three time periods (2001–2004, 2004–2006, 2006–2008) were processed. RNA integrity was determined by microcapillary electrophoresis using the RNA integrity number (RIN) algorithm and by results of laser-capture microdissection (LCM). Overall, 42% of human pancreas cancer specimens banked under a dedicated protocol yielded RNA with a RIN of ≥7. Limited warm ex-vivo ischemia times did not negatively impact RNA quality (percentage of tissue with total RNA with RIN of ≥7 for ≤10 min, 42%; 11–30 min, 58%; 31–60 min, 33%; >60 min, 42%), and long-term storage of banked pancreas cancer biospecimens did not negatively influence RNA quality (total RNA with RIN of ≥7 banked 2001–2004, 44%; 2004–2006, 38%; 2006–2008, 50%). RNA retrieved from pancreatic cancer samples with RIN of ≥7 subject to LCM yielded RNA suitable for further downstream applications. Fresh-frozen pancreas tissue banked within a standardized research protocol yields high-quality RNA in approximately 50% of specimens and can be used for enrichment by LCM. Quality of tissues of the biobank were not adversely impacted by limited variations of warm ischemia times or different storage periods. This study shows the challenges and investments required to initiate and maintain high-quality tissue repositories.
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