OperonDB: a comprehensive database of predicted operons in microbial genomes.
OperonDB: a comprehensive database of predicted operons in microbial genomes.
复制标题
OperondB：微生物基因组中预测的操纵子的全面数据库。
DOI：
10.1093/nar/gkn784
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发表时间：
2009-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Salzberg SL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pertea M;Ayanbule K;Smedinghoff M;Salzberg SL
细菌基因组测序的快速进展以及由此对高度自动化注释方法的依赖，推动了许多全基因组分析工具的开发。OperonDB于2001年首次发布，是一个包含用于确定微生物基因组中操纵子结构的计算算法结果的数据库。OperonDB从最初发布时的34个基因组增长到如今的500多个基因组。除了增加数据库的规模，我们还重新设计了操纵子查找算法并提高了其准确性。随着公共数据库中新增基因组的出现，新数据库会定期更新。OperonDB可通过以下网址访问：http://operondb.cbcb.umd.edu
The fast pace of bacterial genome sequencing and the resulting dependence on highly automated annotation methods has driven the development of many genome-wide analysis tools. OperonDB, first released in 2001, is a database containing the results of a computational algorithm for locating operon structures in microbial genomes. OperonDB has grown from 34 genomes in its initial release to more than 500 genomes today. In addition to increasing the size of the database, we have re-designed our operon finding algorithm and improved its accuracy. The new database is updated regularly as additional genomes become available in public archives. OperonDB can be accessed at: http://operondb.cbcb.umd.edu
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Collado-Vides J