Automatic wavelet-based 3D nuclei segmentation and analysis for multicellular embryo quantification.
Automatic wavelet-based 3D nuclei segmentation and analysis for multicellular embryo quantification.
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基于小波的自动3D细胞核分割和分析，用于多细胞胚胎定量。
DOI：
10.1038/s41598-021-88966-2
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发表时间：
2021-05-10
影响因子：
4.6
通讯作者：
Umulis DM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wu TC;Wang X;Li L;Bu Y;Umulis DM
组织、器官和各种发育系统中单个细胞的识别是一个经过充分研究的问题，因为它是客观分析众多生物环境中定量图像的重要组成部分。我们开发了一种基于尺寸的小波分割方法，该方法无需任何预处理、滤波或微调步骤即可提供鲁棒的分割，并且对信噪比具有鲁棒性。与其他常用方法相比，基于小波的方法在真阳性率、精度和分割精度方面实现了稳健的分割结果。我们将分割程序应用于斑马鱼胚胎发育 IN TOTO 中，用于细胞核分割、图像配准和细胞核形状分析。这些新的分割方法提供了一种在整个三维组织和胚胎中以单细胞精度进行定量模式分析的方法，并且它们对不均匀和噪声图像数据集具有很高的容忍度。
Identification of individual cells in tissues, organs, and in various developing systems is a well-studied problem because it is an essential part of objectively analyzing quantitative images in numerous biological contexts. We developed a size-dependent wavelet-based segmentation method that provides robust segmentation without any preprocessing, filtering or fine-tuning steps, and is robust to the signal-to-noise ratio. The wavelet-based method achieves robust segmentation results with respect to True Positive rate, Precision, and segmentation accuracy compared with other commonly used methods. We applied the segmentation program to zebrafish embryonic development IN TOTO for nuclei segmentation, image registration, and nuclei shape analysis. These new approaches to segmentation provide a means to carry out quantitative patterning analysis with single-cell precision throughout three dimensional tissues and embryos and they have a high tolerance for non-uniform and noisy image data sets.
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影响因子：
12.3
作者：
Carpenter AE;Jones TR;Lamprecht MR;Clarke C;Kang IH;Friman O;Guertin DA;Chang JH;Lindquist RA;Moffat J;Golland P;Sabatini DM
通讯作者：
Sabatini DM
影响因子：
3.7
作者：
Gudla, Prabhakar R.;Nandy, K.;Lockett, S. J.
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Lockett, S. J.
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10.6
作者：
Dzyubachyk, Oleh;van Cappellen, Wiggert A.;Meijering, Erik
通讯作者：
Meijering, Erik
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作者：
Chinta, Rambabu;Wasser, Martin
通讯作者：
Wasser, Martin
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作者：
Ambuehl, M. E.;Brepsant, C.;Sbalzarini, I. F.
通讯作者：
Sbalzarini, I. F.